核心结论：公司欠款被法院强制执行扣款后，发票的处理需分情况讨论，主要取决于发票的开具状态、债权性质及执行程序的具体要求。以下从不同角度展开分析：

1. 若发票已开具但未交付债权人

• 法律性质：发票作为付款凭证，其交付是合同附随义务。若公司已开具发票但未交付，债权人仍有权要求交付（即使公司账户被扣款）。
• 处理方式：
  • 主动交付：公司应立即将发票交付债权人，避免因未履行附随义务被追究违约责任（如赔偿损失）。
  • 执行程序协调：若发票被法院作为公司财产查封，需向法院说明发票的特殊性（非货币财产且涉及第三方权益），申请解除查封或由法院协调交付。

2. 若发票未开具且债权人要求开具

• 法律义务：根据《发票管理办法》及合同约定，公司有义务在收款后开具发票。即使账户被扣款，仍需履行开票义务。
• 处理方式：
  • 与债权人协商：明确扣款性质（如是否已抵销债务），若债务未完全清偿，需协商开票时间及方式。
  • 申请法院介入：若债权人拒绝协商，可向法院申请执行和解或提出执行异议，说明开票是法定义务，请求法院裁定公司履行开票义务。

3. 若发票涉及第三方（如分包商、供应商）

• 风险点：若公司被扣款项涉及第三方债权（如应付分包商款项），而发票已开具给第三方，可能引发三角债纠纷。
• 处理方式：
  • 通知第三方：立即告知第三方账户被扣款情况，协商发票处理方案（如退回重开或调整金额）。
  • 申请法院保全：若第三方主张发票权益，可向法院申请保全发票或冻结对应债权，避免重复支付。

4. 执行程序中的发票处理

• 法院扣款范围：法院通常扣划公司货币资金，发票本身不属于可执行财产。但若发票对应应收账款被冻结，需注意：
  • 应收账款执行：若法院冻结公司对第三方的应收账款，公司需通知第三方直接向债权人付款，并协助办理发票开具。
  • 发票与执行款冲抵：若债权人同意，可用发票金额冲抵部分执行款，但需签订书面协议并报法院备案。

操作建议

1. 梳理债务关系：明确被扣款项对应的合同、发票及债权人信息，评估法律风险。
2. 主动沟通：与债权人、法院及第三方（如有）协商，制定发票交付或开具方案。
3. 留存证据：保存所有沟通记录、法院文书及发票凭证，以备后续争议。
4. 法律救济：若协商无果，及时提出执行异议或申请执行和解，维护公司权益。

提示：发票处理需结合具体案情及执行程序进展，建议根据实际情况调整策略。如有进一步疑问，可直接向我咨询。