在与未成年人发生性关系的案件中，认定发生过关系需要综合运用多种证据来构建完整的证据链，其中直接证据是关键，但间接证据、专家证言等也起着重要作用。以下是对此问题的详细解答：
直接证据
当事人陈述：
- 未成年被害人的详细陈述是认定案件事实的重要直接证据。被害人会描述事件发生的时间、地点、经过以及犯罪嫌疑人的特征等。这些陈述需要详细、具体，且能够与其他证据相互印证。
目击者证词：
- 如果现场有目击者或了解情况的第三人（如朋友、老师、亲属），他们的证词也可以作为直接证据。这些证词能够直接或间接证明案件事实，增强证据的证明力。
间接证据
物证：
- 现场遗留物：如毛发、血迹、精斑等，这些物证可以通过DNA检测确定其来源和关联性，从而证明犯罪嫌疑人与案件之间的联系。
- 衣物：未成年人当时所穿的衣物可能残留有相关痕迹，如破损、污渍等，这些痕迹与案件发生过程有关，也可以作为间接证据。
书证：
- 聊天记录：社交软件、短信等交流记录可能包含证明双方关系、发生关系意愿、时间地点等信息，这些信息对于认定案件事实具有重要价值。
- 就医记录：如果未成年人因性关系导致身体损伤或怀孕等，相关的检查、治疗记录也可以作为间接证据。
其他间接信息：
- 如被告的前科记录、受害者的行为模式变化等，这些信息虽然不能直接证明案件事实，但可以为案件的认定提供辅助性证据。
专家证言
法医鉴定：
- 法医对身体进行检查，确定是否发生过性行为、身体损伤程度及性质等。法医鉴定报告是认定案件事实的重要依据之一。
精神鉴定：
- 评估未成年人因事件遭受的精神损害程度。精神鉴定结果可以反映未成年人的心理状态，为案件的认定提供参考。
心理医生/心理咨询师证言：
- 提供关于受害者心理状态和创伤后应激障碍的诊断和治疗意见。这些证言有助于了解未成年人的心理状况，为案件的认定提供辅助性证据。
其他相关证据
被告的控制或威胁行为：
- 如果被告对受害者实施了控制或威胁，以迫使其就范，这些行为也可以作为认定案件事实的证据。
现场勘查报告：
- 现场勘查报告可以揭示与案件相关的物理证据，如现场布局、物品摆放等。这些信息有助于还原案件发生的过程，为案件的认定提供辅助性证据。
法律程序与权益保护
- 严格遵循法律程序：在收集和使用证据时，必须遵守法定程序，确保证据的合法性和有效性。任何非法获取的证据都不能作为认定案件事实的依据。
- 保护未成年人权益：在询问未成年人时，应采取合适方式，保护其身心健康。同时，要充分保护未成年人的隐私和权益，避免对其造成二次伤害。
- 及时报案与寻求法律援助：发现此类情况应及时向公安机关报案，由专业司法机关调查和处理。同时，建议寻求专业的法律援助和支持，以确保案件的公正处理。
在处理此类案件时，必须严格遵守法律程序，保护未成年人的合法权益，确保司法公正与社会正义的实现。如果你或你身边的人遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。