结论：利用某某酒厂入股1万元三年后付1万3千元这一安排是否合法，取决于多个因素，包括入股协议的具体内容、公司的经营状况、利润分配政策以及是否符合相关法律法规的规定等。以下从不同角度进行分析：
一、从合同法的角度
合同有效性：
- 如果入股协议是双方真实意思表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是有效的。这意味着，如果协议中明确规定了入股金额、回报方式及期限等条款，且这些条款是合法合规的，那么三年后支付1万3千元作为回报在合同层面是合法的。
合同履行：
- 合同的履行需要遵循诚实信用原则。如果酒厂在协议约定的期限内未能按照约定支付回报，那么它可能构成违约，需要承担相应的违约责任。
二、从公司法的角度
股东权益：
- 作为股东，您享有公司利润分配、股权转让等权益。但是，这些权益的实现需要依据公司章程和法律法规的规定。如果酒厂的经营状况不佳，或者公司章程中规定了利润分配的限制条件，那么您可能无法按照预期获得回报。
公司决策：
- 股东有权参与公司的重大决策。但是，这并不意味着您可以直接决定公司的利润分配政策。公司的利润分配需要经过董事会或股东会的决议，并符合相关法律法规的规定。
三、从投资回报的角度
合理回报：
- 投资回报应当与风险相匹配。如果酒厂的经营状况良好，且您承担了相应的投资风险，那么获得一定的回报是合理的。但是，如果回报过高，可能涉嫌非法集资或违反相关法律法规的规定。
非法集资风险：
- 需要注意的是，如果酒厂以入股为名，实际上是在进行非法集资活动，那么这种安排是违法的。非法集资通常具有承诺高额回报、虚构项目或隐瞒真相等特征。因此，在入股前，您需要对酒厂的经营状况、信誉等进行充分了解，以避免陷入非法集资的陷阱。
四、具体建议
审查入股协议：
- 在入股前，务必仔细审查入股协议的内容，确保协议中的条款是合法合规的，并明确规定了双方的权利和义务。
了解公司状况：
- 对酒厂的经营状况、财务状况、信誉等进行充分了解，以评估投资风险和回报的合理性。
咨询专业人士：
- 如果您对入股协议或公司状况存在疑问，可以咨询专业的律师或财务顾问，以获取更全面的法律和财务建议。
示例说明：假设您与酒厂签订了入股协议，约定入股金额为1万元，三年后支付1万3千元作为回报。如果酒厂在三年内经营状况良好，且按照协议约定支付了回报，那么这种安排是合法的。但是，如果酒厂在三年内经营不善，或者未能按照协议约定支付回报，甚至涉嫌非法集资等违法行为，那么您可能需要通过法律途径来维护自己的权益。
计算公式（若涉及具体利润分配）：假设酒厂每年的净利润为X元，您的股权比例为Y%，则您每年应获得的利润分配为\(X imes Y\%\)元。三年后，您应获得的总利润分配为\(3 imes X imes Y\%\)元。但是，这个计算公式仅适用于利润分配的情况，并不直接适用于您提出的入股回报问题。入股回报的具体数额需要依据入股协议中的约定来确定。
总结：利用某某酒厂入股1万元三年后付1万3千元是否合法，取决于入股协议的具体内容、公司的经营状况以及是否符合相关法律法规的规定。在入股前，请务必仔细审查协议内容，了解公司状况，并咨询专业人士的意见。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。