在合同纠纷案件中，若被告输了官司，诉讼费一般应支付给法院，但最终是由法院根据判决结果来确定诉讼费的承担方，并由败诉方（即被告）将应承担的诉讼费支付给胜诉方（即原告）或直接支付给法院（具体根据法院要求）。以下是对此问题的详细分析：

1. 诉讼费的一般承担原则：

   • 根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条的规定，诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。这意味着，在合同纠纷案件中，如果被告输了官司，那么诉讼费用原则上应由被告承担。
   • 诉讼费用通常包括案件受理费、申请费等，这些费用在案件受理时由原告先行垫付。待案件审理终结后，法院会根据判决结果来确定诉讼费的最终承担方。

2. 诉讼费的具体支付流程：

   • 在案件审理过程中，原告会先行垫付诉讼费用，并提交给法院。
   • 待案件审理终结，法院作出判决后，会在判决书中明确告知双方当事人各自应承担的诉讼费用数额。
   • 如果被告被判定为败诉方，那么被告需要按照判决书的要求，将应承担的诉讼费用支付给原告（如果原告已垫付且法院要求败诉方直接支付给胜诉方）或直接支付给法院（如果法院要求败诉方将费用支付至法院账户）。

3. 特殊情况下的诉讼费承担：

   • 如果案件以调解方式结案，诉讼费用的负担由双方当事人协商解决。协商不成的，由人民法院根据实际情况作出决定。
   • 在某些特殊类型的案件中，如劳动争议案件、知识产权案件等，诉讼费用的承担规定可能会有所不同。这需要根据具体的法律法规和司法解释来判断。但在此问题中，我们主要讨论的是合同纠纷案件，因此这些特殊情况不作为重点。

4. 实际操作建议：

   • 作为原告，在起诉书中可以明确提出希望被告承担诉讼费用的请求。这样，在案件审理终结后，法院会在判决书中明确告知被告应承担的诉讼费用金额。
   • 如果对诉讼费用的承担有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据案件的具体情况和相关法律法规，为你提供准确的法律意见和指导。

举例说明：假设在一个合同纠纷案件中，原告起诉被告要求支付货款及利息，并垫付了诉讼费用。经过法院审理，判决被告支付货款及利息给原告，并判定被告承担诉讼费用。那么，被告就需要按照判决书的要求，将应承担的诉讼费用支付给原告（如果法院要求败诉方直接支付给胜诉方）或直接支付给法院（如果法院要求败诉方将费用支付至法院账户）。

综上所述，若被告在合同纠纷案件中输了官司，诉讼费一般应由被告承担，并支付给原告或法院（具体根据法院要求）。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。