结论前置：股东会能否以三分之二表决权变更章程确定的分配比例，需视具体情况而定，但通常情况下，在符合法定程序和公司章程规定的前提下，股东会可以通过三分之二以上表决权修改公司章程，进而变更分配比例。不过，这一行为可能受到公司章程特别约定、股东协议限制或相关法律法规的约束。
一、法律依据与程序要求
《公司法》的相关规定：
- 根据《公司法》第四十三条：“股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。”
- 这表明，修改公司章程（包括变更分配比例）需要三分之二以上表决权的股东同意，这是法定程序要求。
公司章程的特别约定：
- 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的基本制度和运营规则。如果公司章程中明确规定了分配比例的变更程序或条件，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么股东会应当遵循这些规定。
- 如果公司章程对分配比例的变更没有特别约定，或者约定不明确，那么股东会可以依据《公司法》的规定，通过三分之二以上表决权修改公司章程，进而变更分配比例。
二、可能受到的限制
股东协议的限制：
- 如果股东之间签订了股东协议，且协议中明确规定了分配比例的变更条件或程序，那么这些规定可能对公司章程的修改产生约束力。
- 在这种情况下，股东会即使拥有三分之二以上的表决权，也不能随意变更分配比例，除非满足股东协议中的相关条件。
相关法律法规的约束：
- 除了《公司法》外，其他相关法律法规（如税法、证券法等）也可能对分配比例的变更产生约束。
- 例如，如果公司分配比例的变更涉及到税务问题，那么可能需要遵守税法的相关规定；如果公司是上市公司，那么分配比例的变更可能还需要遵守证券法的相关规定。
三、实际操作建议
审查公司章程和股东协议：
- 在决定变更分配比例之前，股东会应当仔细审查公司章程和股东协议，确保变更行为符合这些文件的规定。
遵循法定程序：
- 如果公司章程和股东协议没有特别约定，或者约定不明确，那么股东会应当遵循《公司法》的规定，通过三分之二以上表决权修改公司章程，进而变更分配比例。
- 在修改公司章程时，应当确保修改内容合法、合规，并且不损害其他股东的合法权益。
考虑其他股东的意见：
- 尽管股东会拥有三分之二以上的表决权，但在变更分配比例时，仍然应当考虑其他股东的意见和利益。
- 通过协商和沟通，可以达成更加公平、合理的分配方案，从而维护公司的稳定和长期发展。
最后，股东会能否以三分之二表决权变更章程确定的分配比例，并不是一个简单的“是”或“否”的问题。它涉及到公司章程、股东协议、相关法律法规等多个方面的因素。因此，在实际操作中，股东会应当谨慎行事，确保变更行为合法、合规，并且不损害其他股东的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。