核心结论：货物运输单据只保存5年，若未超过法定或合同约定的保存期限且无纠纷，通常无需特别处理；若可能涉及纠纷或需长期留存，建议通过延长保存、电子化存储、法律程序固定证据等方式应对。以下是具体分析：

1. 若5年保存期未违反法律规定或合同约定

• 法定保存期限：根据《民法典》及相关行业规定，货物运输单据的保存期限通常由合同约定或行业惯例决定。若合同明确约定保存5年，且该期限不违反法律强制性规定（如税务、海关等特殊要求），则保存5年属于合法行为，无需额外处理。
• 无纠纷场景：若5年内未发生纠纷，且未来无预期纠纷，单据保存期满后可按常规流程销毁（如企业内部档案销毁程序），但需确保销毁过程合规，避免泄露商业秘密或个人信息。

2. 若5年保存期可能影响未来纠纷处理

• 延长保存期限：若货物运输涉及高价值货物、长期合作或潜在纠纷风险（如质量争议、赔偿纠纷），建议延长保存期限至纠纷解决或法定诉讼时效期满（通常为3年，但部分合同纠纷可能延长）。例如，若合同约定5年保存期，但诉讼时效为3年，可在5年后继续保存至诉讼时效期满。
• 电子化存储：将纸质单据扫描为电子文件，并存储在安全可靠的电子系统中（如云存储、企业档案管理系统），同时保留原始纸质单据的备份。电子存储需符合《电子签名法》要求，确保文件真实、完整、未被篡改。
• 法律程序固定证据：若担心单据灭失或损毁，可在诉讼时效内通过公证、律师见证等方式固定证据，或向法院申请证据保全，确保单据内容在纠纷中可被采信。

3. 若5年保存期违反法律强制性规定

• 税务、海关等特殊要求：部分行业（如进出口贸易）可能要求货物运输单据保存期限超过5年（如海关要求进口货物报关单保存3年，但部分情况下可能延长）。若未遵守，可能面临行政处罚（如罚款、滞纳金）。
• 补救措施：若已超过法定保存期限但未销毁单据，应立即停止销毁并补存；若已销毁，需评估风险并准备应对措施（如与相关部门沟通、提供其他替代证据）。

4. 合同条款的审查与修改

• 合同约定优先：若货物运输合同中明确约定了保存期限，双方应按合同履行。若认为5年期限过短，可在后续合同中修改条款，延长保存期限或约定“保存至纠纷解决”等灵活条款。
• 格式条款风险提示：若保存期限条款为格式条款（如运输公司提供的制式合同），需注意其是否因排除对方主要权利或加重对方责任而无效。根据《民法典》第497条，此类条款可能被认定无效。

建议行动：

1. 核对合同约定及行业规定，确认5年保存期是否合法合规；
   
2. 根据纠纷风险评估是否需要延长保存或电子化存储；
   
3. 若涉及行政或法律风险，及时咨询专业律师制定应对方案。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体场景为您提供详细解答。