若申请者存在主观故意且情节严重，会受到处罚；若申请者无主观故意或情节轻微，可能不会受到处罚，但需配合调查并承担相应责任。具体分析如下：
申请者存在主观故意且情节严重的情况
- 处罚依据：根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第四十四条，提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的，由登记机关责令改正，没收违法所得，并处5万元以上20万元以下的罚款；情节严重的，处20万元以上100万元以下的罚款，吊销营业执照。若虚假合作社的设立涉及伪造、变造国家机关公文、证件、印章等行为，还可能触犯《中华人民共和国刑法》第二百八十条，构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 具体表现：申请者明知材料虚假仍故意提交，如伪造股东签名、虚构经营场所、提供虚假审计报告等，且该虚假行为导致合作社设立后从事非法活动或严重损害他人利益。
申请者无主观故意或情节轻微的情况
- 处理方式：若申请者因疏忽或信息不对称导致提交材料存在瑕疵（如未及时更新地址、误填经营范围等），且未造成严重后果，市场监督管理局可能仅责令限期改正，不予处罚。但申请者需积极配合调查，提供真实材料，并承担因虚假登记产生的民事责任（如赔偿他人损失）。
- 例外情形：若申请者能证明自身无过错（如被他人冒用身份信息登记），可向市场监督管理局申请撤销登记，并免除处罚。但需提供充分证据（如身份证挂失证明、笔迹鉴定报告等）。
建议：若您或您的企业涉及虚假合作社登记问题，建议立即采取以下措施：
- 梳理登记材料，确认是否存在虚假内容；
- 主动联系市场监督管理局，说明情况并配合调查；
- 咨询专业律师，评估法律风险并制定应对方案。
如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体案情为您提供详细解答。