结论：农用地变为商业用地后，原权利人一般不再享有土地经营权，但具体需结合土地性质变更程序、原权利性质及补偿安置情况综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 土地性质变更的法律后果

根据《土地管理法》第四条，农用地转为建设用地（如商业用地）需依法办理农用地转用审批手续。若土地性质已合法变更为商业用地，其用途和权利内容将发生根本性变化：

• 经营权灭失：土地经营权是基于农用地承包经营权或流转合同产生的用益物权，其存续以土地保持农用地性质为前提。一旦土地转为商业用地，原农用地承包经营权终止，经营权随之消灭。
• 权利转化：原权利人可能通过补偿安置获得与商业用地相关的权益（如货币补偿、产权置换、商业用地使用权等），但这些权益与土地经营权性质不同，需根据具体补偿方案确定。

2. 原权利性质的影响

原权利人的身份和权利来源直接影响变更后的权益：

• 承包经营权人：若原权利人为集体土地承包经营户，土地转用后承包经营权终止，但有权依据《土地管理法》第四十八条获得土地补偿费、安置补助费及地上附着物补偿。
• 流转经营权人：若原权利人通过流转取得经营权（如转包、出租），需审查流转合同是否约定土地性质变更时的处理方式。若无约定，流转合同因土地用途改变而无法继续履行，原权利人可主张违约赔偿或要求返还剩余期限的流转费用。

3. 程序合法性的关键作用

土地性质变更需严格履行法定程序，否则可能影响权利变动效力：

• 合法转用：若已依法完成农用地转用审批、征收公告及补偿安置程序，原权利人丧失经营权，但享有补偿请求权。
• 违法转用：若未经审批擅自改变土地用途，原权利人仍可主张经营权，并有权要求恢复土地原状或赔偿损失。此时，行政机关可能对违法行为进行查处，但不影响原权利人基于物权的救济。

4. 特殊情形下的权利延续

极少数情况下，原权利人可能通过特定安排保留部分权益：

• 合作开发模式：若原权利人以土地使用权作价入股参与商业开发，可能通过股权形式间接享有商业用地收益，但这已超出传统经营权范畴。
• 临时用地许可：若变更程序仅涉及临时使用农用地（如施工期），原权利人可在临时用地期满后恢复经营权，但商业用地通常为永久性变更，此情形较少见。

建议：若您涉及此类问题，需重点审查土地转用审批文件、补偿安置协议及原流转合同，以明确权利义务关系。如有争议，可进一步提供具体材料，我将协助分析补偿合理性或违约责任等问题。