营运9座车超载3人，将面临行政处罚，具体处罚措施如下：

1. 处罚依据：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，将受到相应的行政处罚。

2. 具体处罚措施：

   • 罚款：营运车辆超载3人，即超载比例超过额定乘员的20%（未达50%，具体以9座为基数计算超载比例，此处为便于理解说明比例范围），一般会被处以五百元以上二千元以下罚款。具体罚款数额会根据超载的严重程度、地方性法规以及具体执法情况等因素综合确定。
   • 扣分：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十的，一次记6分。对于9座营运车超载3人，通常符合这一记分标准。
   • 其他措施：除了罚款和扣分外，公安机关交通管理部门还可能扣留机动车至违法状态消除，即要求超载人员下车，直至车辆载客人数符合核定标准。

3. 特殊情况说明：

   • 如果超载情况特别严重，或者存在其他违法行为（如无证驾驶、酒驾等），处罚将会更加严厉，可能包括吊销驾驶证、拘留等。
   • 不同地区可能根据当地实际情况，制定更为具体的处罚细则，因此在实际操作中，还需参考当地的相关规定。

建议：作为营运车辆的驾驶员，应严格遵守道路交通安全法规，确保车辆不超载、不超速、不疲劳驾驶等，以保障乘客和自身的安全。如果面临超载等违法行为被查处的情况，应积极配合执法人员的处理，并尽快纠正违法行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。