您好，关于公司申请工伤的部门，这主要涉及到社会保险行政部门。具体来说，根据《工伤认定办法》以及相关的工伤保险条例，当职工发生事故伤害或者被诊断、鉴定为职业病时，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。

如果单位未在规定的时限内提出工伤认定申请，那么受伤害职工或者其近亲属、工会组织也可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向社会保险行政部门提出工伤认定申请。

在申请工伤认定时，需要准备一系列的材料，包括但不限于工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗机构出具的受伤后诊断证明书等。这些材料需要提交给社会保险行政部门进行审核。

社会保险行政部门在收到工伤认定申请后，会在一定时限内对申请人提交的材料进行审核，并根据需要进行调查核实。如果材料完整且符合受理条件，社会保险行政部门会受理申请，并在一定时间内作出工伤认定决定。

因此，公司申请工伤主要是向统筹地区的社会保险行政部门进行申请。希望这个解答能够帮到您，如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。