针对您提出的“已离职员工系统已报送离职，后期补发离职补偿金自然人申报系统如何申报”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，对于已离职的员工，您需要在自然人电子税务局扣缴端的【人员信息采集】功能中，据实填报该员工的离职日期，并进行报送。这一步是确保系统能够正确识别该员工已离职的状态，避免后续申报时出现混淆。

接下来，针对补发离职补偿金的情况，您需要在人员信息【任职受雇从业信息】中，特别勾选“是否离职后补发工资”为“是”。这一设置是关键，它告诉系统这笔收入是离职后补发的，需要按照相应的税务规定进行处理。

同时，您还需要在“补发税款所属月份”中选择对应的税款所属期。这一步是为了确保补发的离职补偿金能够正确归入到相应的纳税期间，以便进行准确的税务计算和申报。

完成上述设置后，您就可以在自然人电子税务局扣缴端进行个人所得税的代扣代缴申报了。系统会根据您设置的信息，自动计算应缴纳的税款，并生成相应的申报表。

此外，我还想提醒您几点注意事项：

1. 确保补发的离职补偿金金额准确无误，避免出现漏报或多报的情况。
2. 在申报前，仔细核对员工的个人信息和税务信息，确保申报的准确性和合法性。
3. 如果补发的离职补偿金涉及多个纳税期间，需要分别进行申报，确保每个期间的税款都能正确缴纳。

最后，如果您在申报过程中遇到任何问题或疑问，可以随时联系自然人电子税务局的客服或咨询当地税务机关，他们会为您提供专业的帮助和指导。希望这些解答能够对您有所帮助！