结论前置：工伤认定后，公司仍不支付员工停工留薪期工资，只按病假工资发放，这是不合法的。员工有权依据相关法律法规，通过协商、劳动仲裁和诉讼等途径来维护自己的合法权益。
一、法律依据与权益阐述
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，员工在停工留薪期内，应享受与正常工作期间相同的工资待遇，公司不得擅自降低或停发。
二、解决措施与步骤
友好协商与调解
- 沟通协商：员工可以首先尝试与公司进行友好协商，明确表明自己享有停工留薪期的合法权益，并提供工伤认定决定书、医疗诊断证明等相关材料作为支撑。通过平和的沟通，力求达成共识，要求公司按照法律规定支付停工留薪期工资。
- 寻求调解：若直接协商无果，员工可以请求企业劳动争议调解委员会或依法设立的基层人民调解组织进行调解，以促成双方和解，解决工资支付问题。
申请劳动仲裁
- 准备材料：如果协商和调解均未能解决问题，员工可以准备仲裁申请书，详细列明申请人和被申请人的基本信息、仲裁请求（明确要求公司给予停工留薪期及支付相关待遇）、事实和理由等。同时，收集并整理工伤认定决定书、医疗诊断证明、工资支付记录等关键证据。
- 提交申请：将仲裁申请书及相关证据材料提交至当地人力资源和社会保障局内的劳动争议仲裁委员会，等待其审查并决定是否受理。
- 参与仲裁审理：在仲裁审理过程中，员工应积极陈述自己的观点和理由，出示相关证据，并与公司进行辩论。仲裁委员会将根据事实和法律作出公正裁决。
提起诉讼与强制执行
- 对仲裁结果不满：若员工对劳动仲裁结果不满意，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，需遵循民事诉讼的程序和要求，向法院提交起诉状、证据等材料，并参加庭审。
- 要求强制执行：若法院判决员工胜诉但公司仍不履行义务，员工可以向法院申请强制执行。法院将采取查封、扣押、冻结公司财产等强制手段，确保员工的合法权益得到实现。
三、注意事项与建议
- 保留证据：在整个维权过程中，员工应妥善保管所有相关证据，如工伤认定书、医疗记录、工资单、仲裁裁决书、法院判决书等。这些证据是维权成功的关键。
- 遵守法律程序：员工在维护自己权益时，务必遵守法律程序，不得采取过激行为或违法手段。通过合法途径解决问题，既保护了自己的权益，也维护了社会的法制秩序。
四、可能的法律后果
如果公司仍然拒绝支付停工留薪期工资，除了可能面临劳动仲裁和诉讼的风险外，还可能受到劳动行政部门的处罚。根据《劳动保障监察条例》的相关规定，劳动行政部门有权对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为进行查处，并可以责令公司限期支付劳动者的工资报酬、经济补偿等。
综上所述，工伤认定后公司仍不支付员工停工留薪期工资是不合法的。员工应依据相关法律法规，通过协商、劳动仲裁和诉讼等途径来维护自己的合法权益。在维权过程中，要保留好证据、遵守法律程序。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。