结论：被告在还款后未拿回借条原件，现原告拿借条原件主张未还清，被告需通过收集并提交还款证据来证明已履行还款义务，否则可能面临不利法律后果。以下从多个角度进行分析：
一、法律背景与原则
在民间借贷纠纷中，借条是证明借贷关系存在及借款金额的重要证据。然而，借条并非证明还款的唯一证据。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。因此，被告若主张已还款，需承担举证责任，提供还款的相关证据。
二、被告应如何应对
收集还款证据：
- 转账记录：如果还款是通过银行转账进行的，被告应提供转账凭证，包括转账时间、金额、收款人等信息。
- 收条或确认书：如果还款是现金交付，被告应尽可能取得原告出具的收条或确认书，明确还款金额和时间。
- 聊天记录或录音：如果双方有关于还款的聊天记录或录音，这些也可以作为辅助证据，证明被告已履行还款义务。
提交证据并抗辩：
- 在诉讼过程中，被告应将收集到的还款证据提交给法院，并说明这些证据如何证明其已还款。
- 被告还可以提出抗辩，指出原告仅凭借条原件主张未还清，缺乏其他证据支持，且与被告提供的还款证据相矛盾。
三、可能面临的法律后果
若被告能提供充分证据：
- 如果被告能提供充分的还款证据，法院将认定被告已履行还款义务，驳回原告的诉讼请求。
若被告无法提供充分证据：
- 如果被告无法提供充分的还款证据，或者提供的证据不足以证明其已还款，法院可能根据借条原件认定原告的主张成立，判决被告承担还款责任。
四、建议与预防措施
还款时务必保留证据：
- 被告在还款时，应务必保留好还款证据，如转账记录、收条等，以备不时之需。
及时拿回或销毁借条原件：
- 还款后，被告应尽快与原告协商拿回借条原件或要求原告出具收条并注明借条已作废，以避免类似纠纷的发生。
咨询专业律师：
- 如果被告对如何收集证据或应对诉讼存在疑问，应及时咨询专业律师，以获得更具体的法律建议和指导。（当然，作为王冬阳律师，我随时准备为你提供专业的法律咨询。）
总结来说，面对原告拿借条原件主张未还清的情况，被告应积极收集并提交还款证据，以证明自己已履行还款义务。同时，被告也应从中吸取教训，未来在还款时务必保留好证据，并及时拿回或销毁借条原件，以避免不必要的法律纠纷。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。