员工旷工扣工资是否合法，需分情况讨论：
有合法规章制度依据且内容合理：
- 若公司有明确的规章制度，规定旷工属于严重违反公司纪律的行为，并明确旷工一天扣多少工资（该扣款比例需合理，不能超出法定限度，比如不能因旷工一天就扣除全部工资或远超实际损失的金额），且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并公示或告知员工，那么在这种情况下，公司因员工旷工而扣除相应工资是合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
无合法规章制度依据或内容不合理：
- 若公司没有明确的规章制度规定旷工扣工资，或者规章制度未经民主程序制定、未公示或告知员工，又或者规章制度中规定的旷工扣工资比例不合理（如扣除金额远超实际损失或法定限度），那么在这种情况下，公司因员工旷工而扣除工资就是不合法的。员工有权要求公司补发被扣除的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 实际建议：如果员工认为公司扣除工资的行为不合法，可以先与公司进行协商，要求公司说明扣款的依据和合理性。如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司补发被扣除的工资，并可能要求公司支付相应的经济补偿或赔偿金。
额外提醒：
- 公司在处理员工旷工问题时，应确保有充分的证据证明员工确实存在旷工行为，如考勤记录、监控录像、同事证言等。
- 公司在制定和执行规章制度时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保规章制度的合法性和合理性，以避免因规章制度不合法或不合理而引发的劳动争议。
总结：员工旷工扣工资是否合法，取决于公司是否有合法且合理的规章制度依据。如果有，且规章制度已经过民主程序制定并公示或告知员工，那么扣工资是合法的；如果没有或规章制度不合理，那么扣工资就是不合法的。员工在遇到此类问题时，应积极维护自己的合法权益，必要时可以向专业律师或劳动监察部门寻求帮助。