针对您提出的“合同签字盖章后生效，但只签名未盖章是否有效”的问题，这确实是一个涉及合同法律效力的关键问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、合同有效性的基本原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同时，合同自当事人均签名、盖章或者按指印时成立。这表明，签名、盖章或按指印在法律上具有同等的法律效力，都是合同成立的合法方式。因此，在一般情况下，如果合同只是要求签字盖章后生效，而实际上只签名未盖章，但合同内容是双方真实意思表示，且不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么合同仍然是有效的。
二、需考虑的特殊情形
合同中的特别约定：
- 如果合同中明确约定了“本合同自双方签字并盖章之日起生效”，那么在这种情况下，仅签名而未盖章将不满足合同约定的生效条件，合同可能因此不发生法律效力。这种约定是双方对合同生效条件的特别约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，即对双方具有约束力。
法律、行政法规的特殊规定：
- 在某些特殊领域，如金融、国有资产交易等，法律、行政法规可能明确规定合同必须同时签字且盖章才生效。如果合同涉及这些特殊领域，且未满足相关法律、行政法规的特别规定，那么仅签名未盖章的合同可能不生效。
代理权问题：
- 如果合同是由法人或非法人组织订立的，且签字人没有相应的代表权或代理权，那么这可能影响合同的效力。然而，如果相对人有理由相信签字人有代理权（即构成表见代理），则代理行为有效，合同亦有效。
三、实践操作建议
严格遵守合同要求：
- 为确保合同的合法有效性，建议当事人在签订合同时严格遵守合同中的要求。如果合同明确要求签字并盖章，那么应当既签字又盖章，以避免后续可能的争议。
保留合同履行证据：
- 在合同履行过程中，保留好相关证据，如付款记录、交货凭证等。这些证据可以作为合同有效性的有力支撑，即使合同未盖章，但如果有其他证据证明合同已经被实际履行，那么合同仍然可能被认定为有效。
及时咨询专业律师：
- 如果在合同签订或履行过程中遇到疑问或争议，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助当事人维护自身合法权益。
综上所述，对于“合同签字盖章后生效，但只签名未盖章是否有效”的问题，不能一概而论地认为合同无效。而是需要根据具体的法律规定、合同约定以及实际情况来判断合同的效力。为确保合同的合法性和有效性，建议在签订合同时严格遵守相关要求，并在遇到疑问时及时寻求专业法律意见。