非婚生子女亲子关系认定困难，主要源于多个方面的因素，以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规不完备
目前，我国的婚姻法以及民事诉讼法对于非婚生子女亲子关系认定的具体规定尚不够完备。这导致在司法实践中，对于此类特殊诉讼的处理缺乏明确、具体的法律依据，从而增加了认定的难度。
二、举证责任分配与亲子鉴定问题
举证责任分配：在非婚生子女亲子关系认定中，举证责任的分配是一个关键问题。请求确认亲子关系的一方需要承担与其诉讼请求相适应的举证责任，这包括证明生父和生母有同居或受胎之可能的基本事实。然而，在实际操作中，这一举证责任往往难以完全履行，因为非婚生子女的情况往往较为复杂，证据收集困难。
亲子鉴定拒绝配合：亲子鉴定是认定亲子关系的一种有效手段，但其适用却面临一系列问题。在有关身份关系的民事诉讼中，当事人常常要求进行亲子鉴定，但对方当事人往往拒绝配合。由于我国法律对于此类情况没有明确规定，导致亲子鉴定这一本应具有较高证明力的证据在适用上遇到障碍。
三、家庭关系与伦理道德挑战
亲子关系诉讼属于身份关系诉讼，具有对世效力。一旦启动亲子鉴定程序，可能会挑战现有的家庭关系，震撼既存的伦理道德基础。这种影响远远超出一次普通的诉讼给各方当事人带来的变化，因此，在认定非婚生子女亲子关系时，需要充分考虑家庭关系和伦理道德因素，避免对家庭和社会造成不必要的冲击。
四、证据收集与形成合理证据链条的困难
在非婚生子女亲子关系认定中，证据的收集和形成合理的证据链条是关键。然而，由于非婚生子女的情况往往较为复杂，证据收集困难，且往往缺乏直接证据。因此，需要依靠间接证据和推论来形成合理的证据链条，这增加了认定的难度和不确定性。
解决对策与建议
建立健全法律法规体系：加快立法进程，确保非婚生子女亲子关系认定活动中有法可依，为司法实践提供可靠的法律支持。
合理分配举证责任：根据案件具体情况，合理分配举证责任，防止权利滥用，同时保护未成年子女的合法权益。
坚持正确价值取向与协商自愿原则：在处理亲子关系纠纷时，应坚持正确价值取向，尊重当事人的协商自愿原则，避免强制亲子鉴定等侵犯人权的行为。
创新工作方法与提升办案效果：法院在办理此类案件时，应多方考虑，努力提升办案的法律效果、政治效果及社会效果的有机统一，确保案件处理既符合法律规定，又符合社会伦理道德要求。
综上所述，非婚生子女亲子关系认定困难的原因是多方面的，需要我们从法律法规、举证责任、家庭关系与伦理道德以及证据收集等多个方面进行综合分析和解决。