在饲料生产过程中，如果企业已经持有有效期内的《食品生产许可证》（这里假设饲料生产也纳入此证管理范畴，实际情况可能因地区和具体法规而异，但核心流程相似），并且打算对生产流水线进行改动，这通常涉及到设备布局和工艺流程的变化。根据您提供的信息以及一般的食品生产许可变更规定，我们可以进行以下分析：
一、是否需要变更许可证
根据《食品生产许可管理办法》及相关服务指南，如果饲料生产企业的现有设备布局和工艺流程发生变化，这属于需要变更食品生产许可证载明的许可事项的情形。因此，改动生产流水线很可能需要向原发证的市场监督管理部门提出变更申请。
二、变更申请的条件和材料
条件：
- 持有有效期内的《食品生产许可证》。
- 改动后的设备布局和工艺流程应符合相关法规和标准的要求，确保不会影响饲料的质量和安全。
材料：
- 食品生产许可变更申请书。
- 改动后的食品生产设备布局图。
- 改动后的食品生产工艺流程图。
- 食品生产主要设备、设施清单（如果主要设备有变动也需要更新）。
- 根据实际情况，可能还需要提供其他相关材料，如食品安全管理制度清单、专职或兼职的食品安全专业技术人员和管理人员信息等。
三、办理流程和时限
流程：
- 登录相关政务服务网（如湖北省政务服务网）提交变更申请。
- 等待受理、审查。
- 审查通过后，领取新的食品生产许可证或电子证书。
时限：
- 法定办理时限通常为20个工作日，但具体承诺办理时限可能因地区和变更事项的不同而有所差异。例如，变更工艺设备布局等事项的承诺办理时限可能为5个工作日。
四、合法性判断
- 合法：如果饲料生产企业按照上述流程和要求，向原发证的市场监督管理部门提出了变更申请，并获得了新的食品生产许可证，那么改动生产流水线就是合法的。
- 不合法：如果企业未提出变更申请或未获得新的许可证就擅自改动生产流水线，这可能构成违法行为，将面临市场监管部门的处罚。
五、建议
- 在改动生产流水线之前，饲料生产企业应仔细研究相关法规和标准，确保改动后的设备布局和工艺流程符合要求。
- 及时向原发证的市场监督管理部门咨询变更申请的具体流程和要求，确保申请材料的完整性和准确性。
- 在获得新的食品生产许可证之前，不要擅自改动生产流水线或进行生产活动。
综上所述，饲料生产中有许可证改生产流水线是否合法，取决于企业是否按照相关法规和标准的要求进行了变更申请并获得了新的许可证。