若发现检察听证程序存在违法情形，可按以下方式处理：

1. 提出异议并要求纠正：在检察听证过程中，如果当事人、辩护人、诉讼代理人等发现程序违法，应当及时向听证主持人提出异议，说明违法的具体情形和依据，要求主持人立即纠正。例如，若应当回避的人员未回避，或者未依法告知当事人相关权利等，都可以提出异议。主持人应当对异议进行审查，如果异议成立，应当及时纠正程序违法问题，确保听证程序依法进行。
2. 向上级检察机关申诉或控告：如果听证主持人未对提出的异议进行纠正，或者认为听证程序违法已经对自身合法权益造成了实质性损害，可以在听证结束后，向作出听证决定的检察机关的上一级检察机关提出申诉或控告。申诉或控告时需要提交书面材料，详细说明听证程序违法的具体情况、证据以及对自己权益的影响等内容。上级检察机关会对申诉或控告进行审查，如果认定程序违法，会要求下级检察机关纠正，必要时也会直接进行纠正。
3. 在后续法律程序中主张权利：检察听证程序违法可能会对后续的检察决定产生影响。如果当事人对检察机关作出的决定不服，在后续的复议、诉讼等法律程序中，可以将听证程序违法作为理由之一，主张撤销或变更检察机关的决定。例如，在行政诉讼中，如果检察机关的听证程序违法影响了行政相对人的合法权益，法院在审理案件时会对该程序违法问题进行审查，并可能据此作出相应的判决。