在三方协议中，通常需要加盖的是各方的公章或合同专用章。以下是对这一问题的详细解答：

一、公章与合同专用章的选择

1. 公章：公章是单位或组织的正式印章，具有最高的法律效力。在三方协议中，使用公章可以确保协议的正式性和权威性，是较为常见的选择。
2. 合同专用章：合同专用章是专门用于签订合同的印章，其法律效力与公章相当。如果单位或组织有合同专用章，并且该印章在相关部门进行了备案，那么在三方协议中使用合同专用章也是完全可行的。

二、加盖印章的注意事项

1. 印章的真实性：确保所加盖的印章是真实有效的，避免使用伪造或变造的印章。伪造或变造印章是违法行为，可能导致协议无效，并引发法律纠纷。
2. 印章的清晰度：加盖印章时，应确保印章清晰可辨，避免模糊或残缺不全的印章。清晰的印章有助于证明协议的真实性和有效性。
3. 印章的加盖位置：印章应加盖在协议的签字或盖章处，以表明各方对协议内容的认可和接受。如果印章加盖位置不当，可能会影响协议的法律效力。

三、特殊情况下的印章使用

1. 分支机构或部门印章：如果三方协议中的一方是分支机构或部门，且该分支机构或部门有独立的印章，那么在使用印章时需要谨慎。一般来说，分支机构或部门的印章可能不具备独立的法律效力，需要得到上级单位或组织的授权才能使用。因此，在这种情况下，最好使用上级单位或组织的公章或合同专用章。
2. 电子印章：随着电子化的发展，电子印章也逐渐被广泛应用。如果三方协议是通过电子方式签订的，那么可以使用电子印章进行加盖。但需要注意的是，电子印章的使用需要符合相关法律法规的规定，并确保其真实性和安全性。

四、法律后果与风险提示

1. 协议无效：如果三方协议中的印章存在伪造、变造或加盖位置不当等问题，可能导致协议无效。这将给各方带来不必要的法律风险和经济损失。
2. 法律纠纷：印章问题还可能引发法律纠纷。例如，如果一方认为另一方使用的印章是伪造的或无效的，可能会提起诉讼或申请仲裁来维护自己的权益。这将耗费各方大量的时间和精力，并可能影响正常的业务运营。

建议：在签订三方协议时，各方应认真审核印章的真实性和有效性，并确保印章加盖位置正确、清晰可辨。如果有任何疑问或不确定的地方，应及时咨询专业律师或相关机构以获取准确的法律意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。