公司有两套账是违法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

1. 法律定义与规定：

   • 根据《中华人民共和国会计法》的相关规定，各单位必须依法设置会计账簿，并保证其真实、完整。公司设置两套账，通常意味着一套账用于内部管理（可能真实反映公司财务状况），另一套账用于对外报告（如税务申报，可能存在隐瞒收入、虚增成本等违法行为），这明显违反了会计法的规定。
   • 此外，《中华人民共和国税收征收管理法》也明确规定，纳税人必须如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及根据实际需要要求报送的其他纳税资料。设置两套账往往是为了逃避税收监管，因此也违反了税收征收管理法的规定。

2. 违法后果：

   • 公司设置两套账，一旦被税务机关或审计机关发现，将面临严重的法律后果。这包括但不限于罚款、滞纳金、补缴税款等行政处罚。
   • 在严重情况下，如涉及偷税、逃税等违法行为，公司及其相关责任人员还可能面临刑事责任追究，如有期徒刑、拘役等。

3. 实际操作与风险：

   • 在实际操作中，公司设置两套账往往是为了掩盖真实的财务状况，以逃避税收、监管或满足其他非法目的。然而，这种做法不仅违法，而且存在极大的风险。
   • 一旦两套账之间的差异被发现，公司不仅将面临法律处罚，还可能损害其商业信誉和投资者信心，对公司的长期发展造成不利影响。

4. 合规建议：

   • 公司应严格遵守相关法律法规，设置并维护一套真实、完整的会计账簿，确保所有财务活动都得到准确记录和反映。
   • 如需进行税务筹划或财务管理优化，应咨询专业律师或会计师，确保在合法合规的前提下进行。

总结来说，公司设置两套账是违法的，不仅违反了会计法和税收征收管理法的规定，还可能面临严重的法律后果和商业风险。因此，我建议公司应严格遵守相关法律法规，确保财务活动的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。