您好，关于您询问的《税收违法案件协查管理办法》，以下是我为您整理的详细解答：
一、管理办法概述
《税收违法案件发票协查管理办法(试行)》是由税务总局制定，旨在规范税收违法案件发票协查工作，提高协查质量和效率。该办法根据《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国发票管理办法》及相关法律法规制订，适用于各级税务机关。
二、协查工作的定义与原则
税收违法案件发票协查，是指查办税收违法案件的税务局稽查局（委托方）将需异地调查取证的发票委托有管辖权的税务局稽查局（受托方）开展调查取证的相关活动。协查工作遵循合法、真实、相关和效率的原则。
三、委托协查流程
发起协查：委托方根据案件查办情况，确定协查对象，并向受托方发出《税收违法案件协查函》。协查函内容包括案件名称、基本案情、涉案发票信息、疑点或线索、作案手法、取证要求、回复期限等。
协查方式：委托方可以采取发函或派人参与的方式进行协查。发函包括寄送纸质协查函和通过协查信息管理系统发出协查函；派人参与则适用于重大案件或有特殊要求的案件。
跟踪管理：委托方应当及时登记《委托协查台账》，跟踪协查函的发出、回复和处理情况。
四、受托协查流程
接收协查函：受托方收到《税收违法案件协查函》后，应当根据协查请求，依照法定权限和程序调查，并按照要求及期限回函。
管辖范围处理：若协查对象不属于受托方管辖范围，受托方应在收函之日起5个工作日内退回委托方，并出具相关证明材料。
立案检查：在特定情形下，如委托方已开具《已证实虚开通知单》或受托方检查发现协查对象有税收违法嫌疑等，受托方应当立案检查。
回函内容：受托方应当依据调查取证所掌握的情况及所获取的证据材料，向委托方出具《税收违法案件协查回复函》，内容包括协查来源、涉案企业基本情况、协查结论等。
回函期限：受托方应当在收到协查函后60日内回函，通过协查信息管理系统发出的协查函则应在30日内回函。如有特殊情况需延期，应逐级上报国家税务总局申请延期。
五、协查管理
统计汇总：地市级以上税务局稽查局应当定期对本辖区协查台账进行统计汇总，全面掌握本辖区协查情况。
考核评估：上级税务局稽查局对下级税务局稽查局的协查质量和效率进行考核，包括受托方按期回复情况、委托方选票针对性、协查函和回复函的信息完整性等。
资料归档：税务违法案件发票协查资料按照《税务稽查工作规程》的规定归档。
六、补充说明
此外，还有《税收违法案件一案双查工作补充规定》等相关文件，对税收违法案件中的税务机关或税务人员的执法行为规范性和履职行为廉洁性进行检查，对违纪违法行为进行调查和追究责任。这进一步强化了税收违法案件的查处力度和规范性。
希望以上解答能够帮助您全面了解《税收违法案件协查管理办法》的相关内容。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时告知。