关于“车位协议20年以后免费使用”是否合法的问题，结论前置如下：
从租赁期限的法律规定来看：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，租赁期限不得超过二十年，超过二十年的部分无效。因此，如果车位协议中约定的“20年以后免费使用”是基于租赁关系，且原租赁期限已经接近或达到二十年，那么这种约定在法律上可能面临挑战，因为超过二十年的部分可能被视为无效。然而，若该“免费使用”并非基于原租赁合同的续期，而是作为独立的新约定（例如，在原租赁期满后，双方重新达成无偿使用的协议），则其合法性需根据具体情况及当地法律法规进一步判断。
从合同约定的角度来看：如果车位协议中明确约定了20年以后免费使用，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种约定在合同双方之间是具有法律效力的。但需要注意的是，这种无偿使用并不构成车位的所有权或永久使用权，其实现需依赖于双方协议的持续有效及当地法律法规的具体规定。
详细分析如下：
租赁期限的限制：
- 根据《民法典》的规定，租赁期限不得超过二十年。这是为了保护租赁双方的权益，避免长期合同带来的不确定性。因此，如果车位协议中的“20年以后免费使用”是基于原租赁合同的续期，且原租赁期限已经接近或达到二十年，那么这种约定可能因违反法律强制性规定而无效。
合同约定的自主性：
- 合同双方有权在自愿、平等的基础上达成协议，包括约定20年以后免费使用车位。但这种约定必须合法、合规，且不损害国家、集体或第三人的利益。如果约定合法有效，那么双方应按照约定履行义务。
无偿使用的性质：
- 20年以后免费使用车位，并不构成车位的所有权或永久使用权。它只是一种基于双方协议或开发商承诺的约定使用权。因此，使用者应明确这种使用权的性质和限制，避免产生误解或纠纷。
潜在风险与注意事项：
- 合同条款的明确性：使用者应仔细查看相关合同或协议的具体条款，明确20年后无偿使用车位的具体条件、范围、限制以及维护责任等。
- 法律合规性：要确认这种约定是否符合法律法规的规定。如果约定违反了相关规定，可能导致该条款无效。
- 权益保障与变更：关注20年内相关情况的变化，如车位所有权人变更、小区管理模式改变等，这些变化可能影响无偿使用权益的实现。如有必要，可以通过公证等方式对相关约定进行固定，以更好地保障自身权益。
建议：
- 在签订车位协议时，应明确约定20年以后免费使用的具体条款和条件，确保双方权益得到充分保障。
- 如果对协议条款存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师或法律机构进行审核和把关。
- 在使用车位过程中，应遵守相关法律法规和小区管理规定，维护良好的使用秩序和环境。
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