若公司已履行还款义务但对方仍不撤诉，可通过以下法律途径解决：

1. 向法院提交还款证据，申请驳回原告诉求
   根据《民事诉讼法》第67条，被告对反驳对方主张有责任提供证据。公司需收集还款凭证（如银行转账记录、收据、双方签署的《还款确认书》等），在举证期限内向法院提交，证明债务已清偿。法院经审查属实后，会依法判决驳回原告诉讼请求，诉讼程序自然终止。

2. 若法院已判决公司败诉，可申请再审或执行异议

   • 再审申请：若判决已生效但公司有新证据（如还款凭证未被采纳），可在判决生效后6个月内向上一级法院申请再审（《民事诉讼法》第207条）。
     
   • 执行异议：若案件已进入执行阶段，公司可向执行法院提交还款证据，申请中止执行并裁定终结案件（《民事诉讼法》第232条）。

3. 追究对方虚假诉讼或恶意诉讼的法律责任
   若对方明知债务已清偿仍坚持起诉，可能涉嫌虚假诉讼（《刑法》第307条之一）或滥用诉权。公司可向公安机关报案，或向法院提起反诉，要求对方赔偿因诉讼造成的损失（如律师费、差旅费等）。

实务建议：

• 还款时务必通过银行转账等可留痕方式，并要求对方出具书面收据，避免现金交易无凭证；
  
• 若对方拒不撤诉，及时委托律师介入，通过法律程序维护权益，防止因拖延导致不利后果（如财产被错误保全）；
  
• 若对方行为构成侵权，可同步主张精神损害赔偿（需符合《民法典》第1183条情形）。

如有具体证据材料或案件细节需分析，可进一步向我说明，我会结合实际情况提供更精准的解决方案。