结论：公司起诉你赔偿损失时，是否会查你全部的流水，取决于多种因素，包括诉讼的具体情况、法院的调查要求以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行详细分析：
诉讼的具体情况：
- 损失范围与关联性：如果公司主张的损失与你个人的财务状况或交易行为有直接关联，例如你涉嫌挪用公司资金或利用公司资源进行个人交易导致公司损失，那么公司可能会申请法院调查你的相关流水，以证明损失的具体数额和你的过错程度。
- 证据收集难度：如果公司能够通过其他方式（如合同、发票、证人证言等）充分证明其损失，且这些证据与你的流水无直接关联，那么法院可能不会要求调查你的全部流水。
法院的调查要求：
- 申请调查令：在诉讼过程中，如果公司认为有必要调查你的流水以证明其主张，它可以向法院申请调查令。法院在审查后，如果认为调查令的申请合理且有必要，可能会批准并要求相关金融机构提供你的流水信息。
- 调查范围：即使法院批准了调查令，调查的范围也通常限于与案件直接相关的流水信息，而不是你的全部流水。法院会根据案件的具体情况和需要，确定调查的具体时间段和交易类型。
相关法律法规的规定：
- 隐私权保护：虽然公司在诉讼中有权收集证据以支持其主张，但你的个人隐私权也受到法律保护。法院在调查你的流水时，会平衡公司的诉讼需求和你的隐私权保护，确保调查行为合法、合理且必要。
- 证据规则：根据证据规则，公司需要提供充分、合法的证据来证明其主张。如果公司无法提供足够的证据支持其调查你全部流水的请求，法院可能会拒绝该请求。
法律建议：
- 保留证据：如果你认为公司的起诉缺乏依据或存在争议，建议你保留所有可能证明你无过错或损失与你的行为无关的证据，包括但不限于合同、发票、交易记录等。
- 咨询专业律师：由于诉讼过程复杂且涉及法律专业知识，建议你咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据你的具体情况和案件进展，为你提供针对性的法律策略和辩护方案。
可能的法律后果：
- 如果法院批准调查：如果法院批准了公司的调查请求，相关金融机构将提供你的流水信息给法院。法院将根据这些信息和其他证据来审理案件，并作出判决。
- 如果法院拒绝调查：如果法院认为公司的调查请求缺乏依据或不合理，可能会拒绝该请求。在这种情况下，公司需要依靠其他证据来支持其主张。
总之，公司起诉你赔偿损失时是否会查你全部的流水，取决于多种因素。如果你面临此类诉讼，建议你及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。