结论：同一个工程项目收取两次居间费是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及是否违反合同约定、是否构成不当得利或欺诈等法律问题。以下从不同角度进行分析：
1. 合同约定角度
- 合法情形：如果居间合同中明确约定了居间服务的阶段性和费用支付方式，且两次收费均符合合同约定（例如，第一次为促成合同签订的费用，第二次为协助履行合同或解决争议的费用），则收取两次居间费可能合法。
- 违法情形：若合同未约定两次收费，或第二次收费缺乏合理依据（如未提供额外服务），则可能构成违约。根据《民法典》第九百六十三条，居间人促成合同成立的，委托人应按约定支付报酬；但未约定或约定不明的，应合理确定。若第二次收费超出合理范围，可能被认定为违约。
2. 不当得利角度
- 法律背景：根据《民法典》第九百八十五条，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还。
- 分析：若第二次收费缺乏合同或法律依据（如未提供新服务、未达成新成果），且委托人因此遭受损失，则可能构成不当得利。此时，委托人有权要求返还第二次收取的费用。
3. 欺诈或显失公平角度
- 法律背景：根据《民法典》第一百四十八条（欺诈）和第一百五十一条（显失公平），若居间人通过隐瞒真相或虚构事实诱导委托人支付第二次费用，或第二次收费明显违背公平原则，委托人可请求撤销合同或主张费用无效。
- 分析：例如，居间人声称第二次收费是“行业惯例”或“必要成本”，但实际未提供对应服务，可能构成欺诈。若第二次收费远高于市场合理水平，且委托人被迫接受，则可能显失公平。
4. 行业规范与监管角度
- 法律背景：部分行业（如房地产、建设工程）对居间服务有特殊规定。例如，《房地产经纪管理办法》第十八条禁止房地产经纪机构收取未标明的费用。
- 分析：若工程项目属于受监管行业，且第二次收费违反行业规范或监管要求（如未明码标价、未备案），则可能面临行政处罚（如罚款、停业整顿），同时收费行为可能被认定为违法。
法律建议
- 审查合同：委托人应首先检查居间合同是否明确约定两次收费的条款，包括服务内容、金额和支付条件。
- 收集证据：若认为第二次收费违法，需收集证据（如合同、付款记录、沟通记录、服务成果证明等）以支持主张。
- 协商或诉讼：
- 优先与居间人协商解决，要求返还不合理费用；
- 若协商无果，可向法院起诉，主张违约、不当得利或欺诈，要求返还费用并赔偿损失。
- 行业投诉：若涉及行业违规，可向相关监管部门（如住建部门、市场监管部门）投诉，要求查处违法行为。
提示：法律问题具有高度个体性，具体结论需结合合同条款、服务内容、行业规范等综合判断。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。