核心结论：两家共同购买公产房但只登记一人名下时，需通过书面协议明确产权归属、出资比例、使用收益分配、违约责任等内容，以保障双方权益。以下是协议起草的关键要点及示例条款：

一、协议核心条款设计

1. 产权归属约定

   • 明确房屋虽登记在一方名下，但实际为双方共有（按份共有或共同共有），需写明各自份额（如按出资比例划分）。
     
   • 示例条款：
     “本房屋由甲、乙双方共同出资购买，虽登记于甲方名下，但实际为甲、乙按份共有，其中甲方占60%份额，乙方占40%份额。”

2. 出资情况说明

   • 详细列明双方出资方式（现金、转账等）、金额、时间，并附转账凭证作为附件。
     
   • 示例条款：
     “乙方于2023年1月1日通过银行转账向甲方支付购房款人民币20万元，甲方确认收到该款项并用于支付房屋首付款。”

3. 使用与收益分配

   • 约定房屋居住权、租金收益分配（如出租时）、管理义务（如维修、税费承担）等。
     
   • 示例条款：
     “房屋由甲、乙双方共同居住使用，任何一方不得擅自出租或处置；若房屋出租，租金按出资比例分配，税费由双方按份额承担。”

4. 产权变更与处置限制

   • 限制登记方擅自转让、抵押房屋，明确重大事项需双方书面同意。
     
   • 示例条款：
     “未经乙方书面同意，甲方不得将房屋出售、赠与或设定抵押；若甲方违反约定，需向乙方支付房屋市场价20%的违约金。”

5. 违约责任与争议解决

   • 约定违约情形（如拒不配合过户、私自处置房屋）及赔偿方式，优先选择协商或诉讼解决争议。
     
   • 示例条款：
     “若一方违反本协议约定，需赔偿对方因此遭受的全部损失（包括但不限于房屋增值部分、律师费等）；争议由房屋所在地人民法院管辖。”

二、协议形式与效力

1. 书面形式

   • 协议必须采用书面形式，由双方签字并按手印，建议附身份证复印件、出资凭证等材料。

2. 公证增强效力

   • 可到公证处办理协议公证，增强证据效力，尤其在涉及大额财产或未来可能争议时。

3. 与公产房管理单位衔接

   • 若公产房需经单位同意才能共有，需提前与单位沟通，确保协议内容不违反单位规定（如承租人变更限制）。

三、风险提示

1. 登记对抗效力

   • 房屋登记具有公示效力，若登记方私自处置房屋（如出售），第三方可能基于善意取得制度获得产权，此时共有协议仅能向违约方追偿，无法直接对抗第三方。

2. 公产房特殊限制

   • 公产房产权受政策限制（如承租人变更需单位审批），协议内容需符合当地公房管理规定，否则可能被认定无效。

四、示例协议框架

**房屋共有协议**  
甲方（登记方）：________  
乙方（共有方）：________  

鉴于双方共同出资购买位于________的公产房（以下简称“房屋”），现就产权归属等事宜达成如下协议：  
1. **产权归属**：房屋登记于甲方名下，但实际为甲、乙按份共有，甲方占__%，乙方占__%。  
2. **出资情况**：乙方于____年__月__日支付购房款人民币__万元（附转账凭证）。  
3. **使用与收益**：房屋由双方共同居住，租金按份额分配，税费按份额承担。  
4. **处置限制**：甲方转让房屋需乙方书面同意，否则需支付违约金__万元。  
5. **争议解决**：本协议未尽事宜由双方协商解决，协商不成向房屋所在地法院起诉。  

甲方（签字/手印）：________  
乙方（签字/手印）：________  
日期：________  

建议：协议起草后，双方可携带身份证、购房合同、出资凭证等材料，共同咨询专业律师审核条款，确保合法有效。若有进一步疑问，可直接向我咨询。