确认强拆违法后申请赔偿的诉讼时效，根据诉讼类型的不同而有所区别，主要涉及行政诉讼和民事赔偿诉讼两种，具体如下：
一、行政诉讼时效
一般时效：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条，公民、法人或其他组织直接向人民法院提起行政诉讼，要求确认强拆行为违法并申请赔偿的，应当自知道或应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。这是行政诉讼的一般时效规定，旨在确保当事人及时行使诉权，维护自身合法权益。
最长时效：
- 对于因不动产（如房屋）提起诉讼的案件，如果自行政行为作出之日起超过二十年才提起诉讼，人民法院将不予受理。这一规定主要针对涉及不动产的案件，设定了最长的诉讼保护期限。对于非不动产案件，若超过五年再提起诉讼，同样将不被受理。
特殊情况：
- 若因不可抗力（如自然灾害、战争等无法抗拒的原因）或其他不属于当事人自身原因（如被非法限制人身自由等）耽误法定期限，当事人在障碍消除后的十日内可以申请延长期限，由人民法院决定是否准许。这一规定体现了法律对特殊情况的宽容与灵活处理。
行政赔偿诉讼时效特别说明：
- 当事人在提起确认强拆违法的行政诉讼时一并提出行政赔偿请求的，同样适用上述行政诉讼法的起诉期限规定。
- 如果单独提起行政赔偿诉讼，根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十九条，赔偿请求人应当在知道或应当知道行政行为侵犯其合法权益之日起两年内提出。但需注意，被羁押等限制人身自由期间不计算在内。
二、民事赔偿诉讼时效
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果确认强拆违法后涉及民事赔偿问题，当事人应当在知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起三年内提起诉讼。
- 同时，民法典还规定，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。但如有特殊情况，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
综合建议
在实际操作中，当事人应根据具体情况选择合适的诉讼类型，并在规定的时效内提起诉讼。对于涉及行政行为的强拆案件，应优先考虑通过行政诉讼途径解决；而对于由民事主体实施的强拆行为，则可通过民事诉讼途径寻求赔偿。同时，当事人应充分注意时效规定，避免因超过时效而丧失诉权。
举例说明：
- 假设某房屋在2020年1月1日被违法强拆，房主在2020年6月1日得知强拆行为违法并决定提起行政诉讼，那么他应在2020年12月1日之前提起诉讼（假设无特殊情况耽误期限）。
- 如果房主选择提起民事赔偿诉讼，且他在2020年6月1日得知权利受到损害及义务人，那么他应在2023年6月1日之前提起诉讼。
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