结论：针对交通局工程中大包工头拖欠小包工头款项，且交通局尚有40万工程款未支付的情况，小包工头可以通过协商、法律途径（包括发送律师函、提起诉讼或申请仲裁）以及向相关部门投诉等方式来维护自己的权益。

详细分析：

1. 协商解决：

   • 步骤：首先，小包工头可以尝试与大包工头进行友好协商，明确欠款金额和支付期限，争取达成书面还款协议。
   • 理由：协商是解决纠纷最直接、成本最低的方式，有助于维护双方的关系，避免进一步的法律冲突。

2. 法律途径：

   • 发送律师函：
     • 步骤：如果协商无果，小包工头可以委托律师向大包工头发送律师函，正式要求其支付欠款，并设定合理的支付期限。
     • 理由：律师函具有法律威慑力，能够促使对方重视并可能促使双方重新协商或履行支付义务。
   • 提起诉讼：
     • 步骤：若律师函未果，小包工头可以向法院提起诉讼，要求大包工头支付欠款及可能的违约金或利息。同时，可以申请财产保全，冻结大包工头的相关资产以确保判决的执行。
     • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同违约和债权保护的相关规定，小包工头有权要求大包工头履行支付义务。
     • 特别考虑：由于交通局尚有40万工程款未支付给大包工头，小包工头在诉讼中可以申请法院将这部分款项作为大包工头的财产进行保全，以确保自己债权的实现。
   • 申请仲裁：
     • 步骤：如果双方在合同中约定了仲裁条款，小包工头也可以向约定的仲裁机构申请仲裁。
     • 理由：仲裁具有高效、保密等优点，且仲裁裁决具有强制执行力。

3. 向相关部门投诉：

   • 步骤：小包工头还可以向当地劳动监察部门或建设行政主管部门投诉大包工头的拖欠行为。
   • 理由：这些部门有权对拖欠农民工工资等违法行为进行调查和处理，有助于推动问题的解决。

后续行动建议：

• 收集证据：在整个过程中，小包工头应收集并保存好与大包工头之间的合同、付款记录、沟通记录等证据，以备不时之需。
• 咨询专业律师：虽然我在这里提供了一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，小包工头在采取任何行动前，最好咨询专业律师以获取更具体、更个性化的法律建议。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供帮助。

可能法律后果：

• 如果大包工头被判决或裁决支付欠款但拒不履行，小包工头可以申请法院强制执行，包括查封、扣押、拍卖其财产等。
• 大包工头还可能因拖欠工资等违法行为受到行政处罚或刑事处罚（如果构成犯罪的话）。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。