若两份标书部分文字内容完全一样被认定串标，可参考以下回复思路和内容：
对认定依据提出质疑
- 强调文字相同不一定构成串标实质要件：可以回复称，虽然两份标书存在部分文字内容完全一样的情况，但串标的认定不能仅仅依据文字的相同。根据相关法律法规及行业惯例，串标通常是指投标人之间相互串通、事先约定抬高或压低投标报价，或者排挤其他投标人的公平竞争等行为。而仅仅部分文字相同，并不能直接证明存在这种恶意串通、破坏公平竞争的行为。例如，这些相同的文字可能是对招标文件中通用条款、技术标准的正常引用和回应，是所有投标人都必须遵循的统一要求，不能因此就认定为串标。
- 指出认定程序可能存在问题：可以说明，在认定串标的过程中，应当遵循严格的法定程序。如果认定机构没有按照规定的程序进行调查、取证和认定，那么其认定结果可能缺乏合法性和公正性。比如，认定机构没有给予当事人充分的陈述、申辩机会，没有对相关证据进行全面、客观的审查等。可以要求认定机构出示其认定所依据的具体程序规定，以及在认定过程中所收集的所有证据材料，以证明其认定程序的合法性和证据的充分性。
提供相反证据证明不存在串标行为
- 说明文字相同的合理原因：详细阐述两份标书中相同文字部分的具体内容和来源，证明其存在是合理且正常的。例如，如果相同的文字是关于项目的技术方案描述，可以说明这是基于对项目需求的深入理解和分析，采用了行业内通用的技术方法和标准表述，并非是与其他投标人串通的结果。可以提供相关的技术资料、行业标准文件等作为证据，支持自己的说法。
- 提供独立编制标书的证据：可以提供标书编制过程中的相关记录和证据，证明两份标书是各自独立编制的。比如，提供编制标书的时间记录、参与编制的人员名单及分工、编制过程中所使用的参考资料和工具等。这些证据可以表明，两份标书在编制过程中没有与其他投标人进行过不正当的沟通和交流，不存在串通的行为。
强调自身合法权益并寻求公正处理
- 表明对公正处理的期望：可以回复称，自己一直秉持着公平、公正、诚信的原则参与投标活动，对于被认定串标的情况感到非常意外和不解。希望认定机构能够重新审视该认定结果，以客观、公正的态度对待此事，充分考虑所提供的证据和理由，给予一个公正、合理的处理结果。
- 提及可能采取的后续措施：如果认定机构坚持原认定结果，且该结果对自己造成了不合理的损失和影响，将保留通过法律途径维护自身合法权益的权利。例如，可以向相关的行政监督部门进行投诉、申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼等，以纠正错误的认定结果，恢复自己的名誉和合法权益。
以下是一个示例回复：
关于贵方认定我方两份标书部分文字内容完全一样构成串标一事，我方对此持有不同意见，现回复如下：
首先，文字相同并不等同于构成串标的实质要件。此次投标中，两份标书相同部分文字系对招标文件中通用条款和技术标准的正常引用与回应，是所有投标人都需遵循的统一要求，并非恶意串通破坏公平竞争。例如[列举具体相同文字内容及引用来源]，这是基于项目需求和行业规范产生的合理表述。
其次，认定程序可能存在瑕疵。我方要求贵方出示认定所依据的具体程序规定及收集的所有证据材料，以证明认定程序的合法性和证据的充分性。在认定过程中，贵方若未给予我方充分的陈述、申辩机会，未全面、客观审查证据，那么认定结果难以令人信服。
再者，我方能提供相反证据证明不存在串标行为。对于相同文字部分，我方有详细说明其合理原因，并提供相关技术资料和行业标准文件作为支撑。同时，我方还准备了标书编制过程中的时间记录、人员名单及分工、参考资料等证据，证明两份标书是独立编制，未与其他投标人进行不正当沟通。
我方一直秉持公平、公正、诚信原则参与投标，对被认定串标感到意外和不解。希望贵方重新审视认定结果，给予公正、合理处理。若贵方坚持原认定且对我方造成不合理损失，我方将保留通过法律途径维护自身合法权益的权利。