当您在申请工伤认定时，如果发现所提交的材料不齐全，不必过于担心，因为社会保险行政部门会给出明确的指引。具体来说，您可以按照以下步骤来处理：

首先，您需要了解的是，提出工伤认定申请时，应当提交的材料主要包括：工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料，以及医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。工伤认定申请表上需要详细填写事故发生的时间、地点、原因以及职工伤害程度等基本情况。

如果您在提交申请时发现材料不齐全，社会保险行政部门会一次性书面告知您需要补正的全部材料。这是非常重要的一个环节，因为书面告知会明确列出您缺少哪些材料，以及这些材料的具体要求，这样您就可以有针对性地去准备和补充。

接下来，您需要按照书面告知的要求，尽快补齐所有需要的材料。在补齐材料的过程中，如果您有任何疑问或者遇到困难，都可以随时向社会保险行政部门咨询，他们会给予您必要的帮助和指导。

当您补齐所有材料后，社会保险行政部门会重新受理您的工伤认定申请，并开始计算工伤认定的时限。根据规定，社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定。如果受理的事实清楚、权利义务明确，那么这个决定可能会在15日内就作出。

最后，无论工伤认定决定是认定工伤还是不予认定工伤，社会保险行政部门都会在作出决定之日起20日内，将《认定工伤决定书》或者《不予认定工伤决定书》送达给您（或者您的近亲属）和您所在的用人单位，并抄送社会保险经办机构。

所以，如果您在申请工伤认定时发现材料不齐全，不要慌张，按照社会保险行政部门的书面告知要求补齐材料即可。同时，也建议您在准备材料的过程中，尽量做到完整、准确，这样可以避免不必要的延误和麻烦。