核心结论：若店铺实际由你经营，但营业执照登记在他人名下，双方需签订《店铺经营权及权益归属协议》（或类似名称的协议），明确实际经营方、营业执照持有方的权利义务，避免未来因权属、收益分配、债务承担等问题产生纠纷。以下从协议核心条款、法律风险、注意事项三个角度展开说明：

一、协议核心条款（需明确的关键内容）

1. 主体信息
   协议需写明双方姓名、身份证号、联系方式，并明确“营业执照登记方”（名义经营者）与“实际经营方”（你）的身份，避免因主体不清导致协议无效。

2. 经营权归属
   明确店铺的实际经营权归你所有，包括但不限于日常管理、员工招聘、采购销售等权利；营业执照登记方仅作为名义持有人，不参与实际经营（或按约定参与部分事务）。

3. 收益与费用分配

   • 约定店铺经营所得的分配方式（如按比例分成、固定费用支付等）；
     
   • 明确经营过程中产生的成本（如房租、水电、税费）由哪方承担；
     
   • 若营业执照登记方需配合办理年检、变更等手续，可约定其因此产生的合理费用由你承担。

4. 债务承担
   关键点：根据《民法典》第5十六条，个体工商户的债务由经营者承担。若营业执照登记在你名下，即使实际经营方是你，登记方仍可能被认定为经营者并承担债务。

   • 解决方案：在协议中明确“实际经营方为店铺债务的最终承担者”，并约定登记方在承担债务后可向你追偿；
     
   • 补充措施：建议登记方签署《债务承担承诺书》，进一步固定其不承担债务的意思表示（但需注意，此类内部协议不能对抗外部债权人）。

5. 营业执照使用限制
   约定登记方不得擅自将营业执照用于其他经营活动（如出借、挂靠、抵押等），否则需承担违约责任（如赔偿损失、支付违约金）。

6. 协议变更与终止

   • 明确协议变更的条件（如双方协商一致、经营主体变更等）；
     
   • 约定协议终止的情形（如店铺转让、注销营业执照等），并明确终止后的清算、交接义务。

7. 违约责任
   列举可能违约的情形（如未按时支付收益、擅自处置营业执照等），并约定具体的违约责任（如赔偿损失、支付违约金、解除协议等）。

二、法律风险与防范

1. 外部债务风险

   • 风险：若店铺产生债务（如供应商货款、员工工资），债权人可能以营业执照登记方为经营者为由，要求其承担还款责任。
     
   • 防范：除协议约定外，建议在实际经营中保留你作为实际经营者的证据（如合同、付款记录、员工证言等），以便在纠纷中证明债务与你相关。

2. 行政处罚风险

   • 风险：若店铺因违法经营（如销售假货、偷税漏税）被行政处罚，登记方作为名义经营者可能被牵连。
     
   • 防范：在协议中明确登记方有义务配合你处理行政事务（如提供证件、配合调查），并约定因登记方过错导致处罚的赔偿责任。

3. 协议效力风险

   • 风险：若协议内容违反法律强制性规定（如约定“登记方永久不承担债务”），可能被认定无效。
     
   • 防范：协议条款需符合《民法典》《个体工商户条例》等法律规定，避免约定免除法定责任的内容。

三、注意事项

1. 协议形式
   协议需书面签订，并由双方签字捺印（或盖章），建议一式两份，双方各执一份。

2. 公证与备案
   若条件允许，可对协议进行公证（增强证据效力），或向当地市场监管部门备案（但需注意，备案可能不被允许，需提前咨询）。

3. 后续经营建议

   • 尽快将营业执照变更至你名下（若符合条件），从根源上避免权属纠纷；
     
   • 若无法变更，建议定期与登记方对账，确认收益分配、债务承担等情况，并留存书面记录。

总结：签订协议是明确双方权利义务的关键，但需注意协议不能完全对抗外部债权人。建议在实际经营中保留你作为实际经营者的证据，并尽快办理营业执照变更手续。若有具体条款需要进一步细化，或需起草协议模板，可直接向我咨询。