检察院不起诉通常不算有案底，但需分情况讨论：

1. 绝对不起诉（法定不起诉）
   若案件因“情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪”（如未成年人偶犯、初犯且情节轻微），或符合《刑事诉讼法》第16条规定的法定不起诉情形（如犯罪已过追诉时效、经特赦令免除刑罚等），检察院作出不起诉决定后，不会留下案底。此类决定本质是认定行为不构成犯罪，因此不会产生犯罪记录。

2. 相对不起诉（酌定不起诉）
   若案件已构成犯罪，但因犯罪情节轻微（如盗窃金额较小、认罪态度好等），检察院依据《刑事诉讼法》第177条第2款作出酌定不起诉决定，同样不会留下案底。但需注意：

   • 公安机关可能已对行为人采取过强制措施（如拘留、取保候审），这些记录会保留在公安内部系统中，但不属于犯罪记录；
     
   • 若行为人曾被行政处罚（如治安拘留），则行政处罚记录会单独留存，但与刑事案底无关。

3. 存疑不起诉（证据不足不起诉）
   若案件因证据不足（如关键证人未到案、物证灭失等），检察院依据《刑事诉讼法》第175条第4款作出存疑不起诉决定，原则上不会留下案底。但需注意：

   • 若后续补充侦查后证据充分，检察院可重新起诉，此时若被判有罪，则会留下案底；
     
   • 实践中，部分公安机关可能因案件曾进入刑事程序，在内部系统中标注“涉案人员”，但此类标注不具有法律效力，不影响无犯罪记录证明的开具。

法律后果与建议：

• 无犯罪记录证明：无论哪种不起诉类型，行为人均可向公安机关申请开具《无犯罪记录证明》，证明其无犯罪记录。
  
• 特殊情形：若案件涉及特定行业（如教育、金融）或职务（如公务员、律师），部分单位可能要求提供“无违法犯罪记录证明”（包含行政处罚记录），此时需根据单位要求如实提供。
  
• 后续风险：若行为人再次涉嫌犯罪，检察院可能将前次不起诉记录作为“前科劣迹”参考，但不影响本次案件的定性。

总结：检察院不起诉通常意味着行为不构成犯罪或证据不足，因此不会留下案底。但需区分不起诉类型，并注意公安机关内部记录与犯罪记录的法律区别。若有具体案件或进一步疑问，可直接向我咨询。