公司通过微信转账发工资，在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性角度
支付方式合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，工资支付方式并没有明确限制必须通过银行转账或现金形式。因此，从支付方式本身来看，微信转账作为一种电子支付方式，并不违反法律规定。
支付记录与凭证：
- 关键在于公司是否能够提供完整的工资支付记录和凭证。微信转账记录可以作为工资支付的证据之一，但公司还需要确保这些记录能够清晰反映工资的支付情况，包括支付时间、支付金额、支付对象等关键信息。
- 如果公司能够提供完整的微信转账记录，并且这些记录与员工的工资单、考勤记录等相互印证，那么微信转账发工资就是合法的。
税务合规性：
- 公司通过微信转账发工资时，还需要确保税务合规。即公司需要按照税法规定，为员工代扣代缴个人所得税，并将税款及时上缴至税务机关。
- 如果公司未按照规定代扣代缴税款，或者存在偷逃税款的行为，那么即使通过微信转账发工资，也是不合法的。
实际操作建议
完善支付记录：
- 公司应建立完善的工资支付记录系统，确保微信转账记录能够清晰、准确地反映工资的支付情况。
- 同时，公司还应保留与微信转账记录相关的其他证据，如工资单、考勤记录等，以备不时之需。
确保税务合规：
- 公司应严格按照税法规定，为员工代扣代缴个人所得税，并及时上缴至税务机关。
- 公司可以定期咨询税务机关或专业税务顾问，以确保税务合规性。
与员工沟通确认：
- 在采用微信转账发工资前，公司应与员工进行充分沟通，确保员工了解并同意这种支付方式。
- 同时，公司还可以要求员工在收到工资后进行确认，以避免因支付问题引发的纠纷。
潜在风险与应对
支付安全风险：
- 微信转账存在一定的支付安全风险，如账户被盗用、转账错误等。公司应采取必要的安全措施，如设置复杂的支付密码、定期更换密码等，以降低支付安全风险。
纠纷处理风险：
- 如果因微信转账发工资引发纠纷，公司应积极与员工协商解决。如果协商无果，公司可以寻求法律途径解决纠纷，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
总结来说，公司通过微信转账发工资在符合一定条件下是合法的。但为了确保合法性和避免潜在风险，公司应完善支付记录、确保税务合规、与员工沟通确认，并采取必要的安全措施。如果你在这方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。