违法收入不应当征税，且税务机关在发现纳税人有违法收入时，不仅不会对其征税，还会依法将相关违法线索移送至公安机关等部门进行处理。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

法律原则角度

从法律原则上看，税收是国家为满足社会公共需要，凭借公共权力，按照法律所规定的标准和程序，参与国民收入分配，强制地、无偿地取得财政收入的一种方式。其前提是收入来源的合法性。违法收入，如走私、贩毒、贪污受贿等所得，因其本身违反了法律法规，不具有合法性，因此不应成为税收的对象。税务机关在征税时，有义务对纳税人的收入来源进行审查，确保税收的合法性和公正性。

税收征管实践角度

在税收征管实践中，税务机关在发现纳税人有违法收入时，会采取一系列措施来确保税收的合法性和公正性。这些措施包括但不限于：

1. 税务稽查：税务机关会对纳税人的财务状况、收入来源等进行全面审查，以确定其是否存在违法收入。
2. 线索移送：一旦发现纳税人有违法收入，税务机关会依法将相关线索移送至公安机关等部门进行处理，以打击违法犯罪行为。
3. 税收调整：对于因违法收入而产生的税收问题，税务机关会根据相关法律法规进行税收调整，确保税收的合法性和公正性。

法律后果角度

如果税务机关对违法收入进行征税，将可能产生一系列不良后果：

1. 助长违法犯罪：对违法收入征税可能被视为对违法行为的默许或纵容，从而助长违法犯罪行为的发生。
2. 损害税收公正：税收是调节社会财富分配的重要手段，对违法收入征税将破坏税收的公正性，损害合法纳税人的利益。
3. 引发法律纠纷：对违法收入征税可能引发法律纠纷，增加司法成本和社会不稳定因素。

特殊情况说明

虽然一般情况下违法收入不应当征税，但也存在一些特殊情况。例如，在某些情况下，违法收入可能已经被纳入纳税人的正常收入中进行了申报和缴纳税款。在这种情况下，税务机关在发现后，会依法进行税收调整，追回多缴的税款，并可能对纳税人进行处罚。但这并不改变违法收入本身不应征税的原则。

建议：对于纳税人而言，应确保收入来源的合法性，避免涉及违法犯罪行为。如果发现自己的收入中存在违法部分，应立即向税务机关申报并接受处理。同时，纳税人也有权对税务机关的征税行为进行监督，确保税收的合法性和公正性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。