当罪犯被判处没收个人全部财产，且其中涉及股权时，处理流程会遵循一系列严格的法律程序和原则。以下是对这一问题的详细解答：
一、执行机关与基本原则
首先，没收财产的判决，无论它是作为附加刑还是独立刑，都是由人民法院来负责执行的。在执行过程中，人民法院会严格区分犯罪分子个人所有的财产与其家属或他人财产的界限，确保只没收犯罪分子个人所有的财产，这是执行的基本原则。
二、股权作为没收财产的具体处理
股权界定：
- 如果股权是犯罪分子个人实际所有的，那么这部分股权将被纳入没收范围。
- 如果股权是与他人共有的，比如夫妻共同财产中的股权，那么需要先分割出属于犯罪分子的部分，然后再进行没收。
股权调查与冻结：
- 人民法院会对犯罪分子的股权状况进行全面调查，包括其持有的公司、持股比例、股权价值等信息。
- 确定应没收的股权后，法院将采取冻结措施，防止股权被转移、隐匿或损毁。这通常涉及向相关公司发出协助执行通知书，要求公司暂停办理与该股权相关的转让、质押等手续。
股权变现：
- 冻结股权后，人民法院会根据股权的性质和市场情况，选择合适的方式进行变现。这可能包括通过拍卖、变卖或协议转让等方式将股权转化为货币形式。
- 拍卖是常见的方式，法院会委托专门的拍卖机构按照法定程序进行公开拍卖。变卖则适用于不宜拍卖或双方同意不进行拍卖的股权。
款项上缴国库：
- 股权变现后得到的款项，人民法院会及时上缴国库，纳入国家财政统一管理。
三、特殊情况与注意事项
正当债务偿还：
- 如果在没收股权前，犯罪分子有正当的债务需要偿还，且债权人提出请求，人民法院会在没收财产范围内进行清偿。
执行异议处理：
- 如果犯罪分子、家属或其他利害关系人对股权没收执行有异议，可以向执行法院提出书面异议。法院会审查异议并作出相应裁定。如果当事人对裁定不服，还可以向上一级人民法院申请复议。
配合执行工作：
- 建议犯罪分子及其家属积极配合人民法院的执行工作，提供必要的财产信息和协助，以避免不必要的法律纠纷和麻烦。
四、结论与建议
综上所述，当罪犯被判处没收个人全部财产且涉及股权时，人民法院会遵循法定程序进行调查、冻结、变现和上缴国库等处理。犯罪分子及其家属应了解并遵守相关法律规定，积极配合执行工作。如有任何疑问或异议，应及时向执行法院提出并寻求法律帮助。