股份农民合作社出现收益亏损时，可通过以下方式处理：

1. 审查合作社章程与合同
   首先需核查合作社章程、入股协议等文件，明确成员权利义务、亏损分担规则（如按出资比例、交易量比例或约定方式分担）。若章程未明确，应依据《农民专业合作社法》第37条，按成员与合作社的交易量（额）比例返还盈余后，剩余部分按出资比例分配亏损。例如，若章程约定“亏损按出资比例分担”，则成员需按持股比例承担损失。

2. 召开成员大会决策
   根据《农民专业合作社法》第22条，亏损处理需经成员大会表决。可讨论方案包括：

   • 调整经营策略：如优化种植结构、引入新技术降低成本；
     
   • 增资扩股：通过新增成员出资弥补亏损；
     
   • 资产处置：变卖非核心资产（如闲置设备）偿还债务；
     
   • 债务重组：与债权人协商延期还款或减免部分债务。
     注意：重大决策需经成员表决权三分之二以上通过。

3. 法律责任界定

   • 管理人责任：若亏损因理事、经理等管理人员过错导致（如违规投资、决策失误），成员可依据《农民专业合作社法》第29条要求其赔偿；
     
   • 成员责任：成员仅以出资额为限承担有限责任，除非存在滥用权利、损害合作社利益等行为（如虚假出资、挪用资金），此时需承担连带责任。

4. 破产清算（极端情况）
   若合作社资不抵债且无法通过其他方式恢复，可依据《企业破产法》申请破产清算。程序包括：

   • 成立清算组；
     
   • 通知债权人申报债权；
     
   • 按法定顺序清偿债务（职工工资→税费→普通债权）；
     
   • 剩余财产按成员出资比例分配。
     注意：农民专业合作社破产适用《企业破产法》，但需结合合作社特性处理。

建议行动步骤：

1. 立即召开成员大会，通报亏损情况并讨论应对方案；
   
2. 委托会计师事务所审计财务，明确亏损原因及责任；
   
3. 根据审计结果，选择调整经营、增资、债务重组或清算；
   
4. 若涉及管理人责任，收集证据后通过诉讼追偿。
   

如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我提供细节进一步解答。