核心结论：
“逾期付款违约金利率按银行同期短期贷款利率加1%并收取手续费”的约定，需结合法律对违约金调整规则、手续费性质及合同条款的合法性综合判断。以下从法律适用、条款效力、计算方式三个角度展开分析：
1. 法律对逾期付款违约金的调整规则
根据《民法典》第585条，违约金具有“补偿为主、惩罚为辅”的性质，若约定的违约金过分高于实际损失（通常指超过损失的30%），法院或仲裁机构可依当事人请求予以调减。
- 银行同期短期贷款利率加1%的合理性：
若该利率水平（如LPR的1.5倍左右）与债权人实际损失（如资金占用成本）相当，通常会被认定为合理；但若明显高于市场融资成本（如民间借贷利率上限），可能被调减。
- 手续费的性质：
若手续费属于“为实现债权产生的合理费用”（如律师费、保全费等），且合同明确约定由债务人承担，可单独主张；但若手续费与违约金重复计算（如均以弥补资金占用损失为目的），可能被认定为“双重惩罚”，面临调减风险。
2. 合同条款的效力审查
- 格式条款风险：
若该约定为债权人单方制定的格式条款，且未以显著方式提示债务人注意（如加粗、下划线），债务人可主张条款不成为合同内容（《民法典》第496条）。
- 利率上限限制：
若债务人为自然人，需注意民间借贷利率的司法保护上限（当前为LPR的4倍）；若为商事主体，则不受此限制，但仍需符合“合理性”标准。
3. 实务中的计算方式与举证责任
- 计算基数：
违约金通常以逾期未付金额为基数，按约定利率（银行同期短期贷款利率+1%）按日/月计算；手续费若为固定金额，需明确是否与违约金并行主张。
- 举证责任：
债权人需证明实际损失（如资金占用损失、融资成本等）与约定违约金相当；债务人若主张调减，需提供证据证明违约金过高（如市场利率水平、债权人实际损失等）。
建议：
- 若您是债权人，建议在合同中明确违约金与手续费的性质（如违约金弥补损失，手续费覆盖实现债权的费用），并保留实际损失的证据（如融资合同、利息支付凭证）；
- 若您是债务人，可对比约定利率与市场利率，若明显过高，可在诉讼中主张调减，并要求债权人提供损失证明。
如有具体合同条款或案例背景，可进一步向我说明，我会结合细节为您分析。