国家扶持民营企业改造资金被贪污，查出来后一般会退还民营企业，但具体退还情况需根据案件处理进度和资金追回情况来确定。以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
贪污行为的法律定性：
- 贪污国家扶持民营企业改造资金，属于贪污公共财物的行为，可能构成贪污罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，贪污罪是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。
退赃的法律要求：
- 在贪污案件中，退赃是犯罪嫌疑人或被告人应尽的义务。一旦贪污行为被查实，犯罪嫌疑人或被告人需要积极退还贪污所得，以减轻或免除法律责任。
- 如果贪污资金已被挥霍或无法直接追回，犯罪嫌疑人或被告人可能需要通过其他财产进行赔偿，以确保民营企业的损失得到弥补。
法律程序与退还：
- 贪污案件的处理需要经过刑事诉讼程序，包括侦查、起诉、审判等阶段。在案件处理过程中，如果贪污资金被追回，法院会依法判决退还民营企业。
- 如果案件尚未处理完毕或贪污资金尚未追回，民营企业可能需要通过法律途径（如申请财产保全、提起附带民事诉讼等）来维护自身权益。
实际操作层面
资金追回的难度：
- 贪污资金可能已被转移、隐匿或挥霍，导致追回难度较大。这需要执法机关投入大量的人力、物力和时间进行调查和追缴。
- 民营企业应积极配合执法机关的调查工作，提供必要的证据和信息，以协助追回贪污资金。
退还的时效性：
- 贪污案件的处理周期可能较长，导致退还的时效性受到影响。民营企业需要耐心等待案件处理结果，并密切关注资金追回情况。
- 如果民营企业因贪污行为遭受了重大损失，且资金追回无望，可以考虑通过其他途径（如申请国家赔偿、寻求政府救助等）来弥补损失。
预防措施与建议：
- 民营企业应加强内部管理，建立健全的财务制度和监督机制，防止类似贪污行为的发生。
- 在申请国家扶持资金时，应严格按照规定程序进行申报和审核，确保资金的合法性和合规性。
- 如果发现贪污行为或疑似贪污行为，应及时向执法机关报案，并积极配合调查工作。