结论：村委会在整户消失的情况下未收回土地且未处理政府批准文件，这一行为是否合法需分情况讨论，一般情况下不合法，但存在特殊情形可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下，村委会未收回土地及处理政府批准文件不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农村土地属于集体所有，农户仅享有承包经营权。当整户消失（如全家迁出、死亡等），其承包的土地应当由集体收回，重新发包或进行其他处理。
- 政府批准文件通常是针对特定农户或土地使用行为的授权，当农户消失，该授权的基础已不存在，村委会应及时处理相关文件，避免产生法律纠纷。
法律后果：
- 如果村委会未收回土地且未处理政府批准文件，可能导致土地闲置、浪费，甚至被他人非法占用，损害集体利益。
- 长期不处理还可能引发土地权属纠纷，影响农村社会稳定。
二、特殊情况下，村委会未收回土地及处理政府批准文件可能合法
存在合法继承或流转情形：
- 如果整户消失前，土地承包经营权已通过合法方式（如继承、流转）转移给其他农户或经济组织，且相关手续完备，那么村委会可能无需收回土地。
- 在此情况下，政府批准文件可能仍有效，但需根据具体情况进行变更或重新申请。
村委会正在处理过程中：
- 如果村委会已经启动收回土地和处理政府批准文件的程序，但因各种原因（如程序繁琐、需要时间协调等）尚未完成，那么在这一过程中，村委会的行为可能不被视为违法。
- 但村委会应尽快完成相关程序，避免长期拖延。
三、建议与措施
对于村委会：
- 应及时关注农户情况，一旦发现整户消失，应立即启动土地收回和处理政府批准文件的程序。
- 加强与相关部门的沟通协调，确保程序合法、高效进行。
对于其他农户或经济组织：
- 如果发现村委会未收回土地且未处理政府批准文件，可向村委会提出质疑，要求其说明情况并尽快处理。
- 如村委会不作为或处理不当，可向相关部门（如乡镇政府、土地管理部门）投诉或寻求法律帮助。
对于政府批准文件的处理：
- 如果土地承包经营权已发生变更，应及时向相关部门申请变更政府批准文件，确保文件与实际情况相符。
- 如果土地被收回，政府批准文件应作废或注销，避免被他人非法利用。
进一步思考：在实际操作中，村委会未收回土地及处理政府批准文件的行为可能涉及多个法律环节和利益主体。因此，在处理此类问题时，应充分考虑各方利益，确保程序合法、公正、透明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。