股份农民合作社发生亏损时，责任承担需根据合作社性质、成员协议及法律规定综合判断，具体分为以下情形：

1. 若合作社为有限责任公司或股份合作制企业
   根据《公司法》或《农民专业合作社法》，成员（股东）原则上以出资额为限承担有限责任。即亏损仅限于成员投入的股本，个人财产不受追偿。但需注意：

   • 若成员存在未足额出资、抽逃出资等行为，需在未出资范围内补足亏损；
     
   • 若成员滥用法人地位（如财产混同、恶意转移资产），可能被法院判决穿透法人面纱，承担连带责任。

2. 若合作社为普通合伙制
   根据《合伙企业法》，普通合伙人对亏损承担无限连带责任。即：

   • 合作社财产不足清偿债务时，成员需以个人财产（包括家庭财产）偿还；
     
   • 某一成员清偿后，可向其他成员追偿其应承担的份额。
     例外：若合伙协议约定“有限合伙”结构（部分成员仅出资不参与经营），则有限合伙人以出资为限担责，普通合伙人仍需承担无限责任。

3. 若合作社章程或成员协议另有约定
   法律允许合作社通过内部协议自主约定亏损分担规则，但需满足：

   • 协议内容不违反法律强制性规定（如不得免除故意或重大过失责任）；
     
   • 约定需经全体成员一致同意并书面确认；
     
   • 实践中常见约定包括：按出资比例分担、按交易量（额）分担、设立亏损准备金等。

4. 特殊情形：管理人责任
   若亏损由管理人过错导致（如决策失误、违规操作），成员可依据《民法典》第1165条追究其侵权责任，要求赔偿合作社实际损失。但需证明：

   • 管理人存在过错（如未履行勤勉义务）；
     
   • 过错与亏损之间存在直接因果关系。

建议行动：

• 立即核查合作社章程及成员协议，明确亏损分担规则；
  
• 审查财务记录，确认亏损原因（市场风险/人为过错）；
  
• 若涉及外部债权人追偿，优先以合作社财产清偿，不足部分再按上述规则分配责任；
  
• 争议解决可协商、调解或通过诉讼/仲裁途径，需注意3年诉讼时效限制。
  

如有具体案例或协议条款需要分析，可直接提供细节进一步探讨。