企业不通过村民同意暗箱操作办理国有土地证是不合法的。以下从多个角度对此问题进行分析：

1. 法律程序角度：

   • 根据相关法律法规，土地证的办理需要遵循严格的法律程序，包括土地权属的确认、土地用途的审批、土地登记等环节。这些程序旨在确保土地权属的清晰、合法，并保护相关权利人的合法权益。
   • 暗箱操作办理国有土地证，显然违反了这些法律程序，可能涉及伪造文件、隐瞒真相等违法行为，因此是不合法的。

2. 村民权益角度：

   • 村民作为土地的相关权利人，对土地的权属、用途等享有知情权、参与权和监督权。企业未经村民同意暗箱操作办理国有土地证，剥夺了村民的这些权利，损害了村民的合法权益。
   • 在这种情况下，村民有权向相关部门投诉、举报，并要求撤销非法办理的土地证，恢复土地的原状或获得相应的补偿。

3. 法律后果角度：

   • 企业暗箱操作办理国有土地证，一旦被发现，将面临严重的法律后果。这可能包括行政处罚（如罚款、没收违法所得等）、民事赔偿（如赔偿村民因土地权属纠纷而遭受的损失）以及刑事责任（如构成犯罪的，将依法追究刑事责任）。
   • 此外，企业的声誉和信誉也将受到严重影响，可能导致合作伙伴的流失、客户信任的下降等不良后果。

4. 实际操作建议：

   • 对于企业而言，应严格遵守相关法律法规，按照法定程序办理土地证。在办理过程中，应充分尊重村民的权益，与村民进行充分沟通、协商，确保土地权属的清晰、合法。
   • 如果企业在办理土地证过程中遇到困难或问题，应及时咨询专业律师或相关部门，寻求合法、合规的解决方案。

总结与建议：企业不通过村民同意暗箱操作办理国有土地证是不合法的，不仅违反了法律程序，损害了村民的权益，还可能面临严重的法律后果。因此，我建议企业在办理土地证时务必遵守相关法律法规，尊重村民的权益，确保土地权属的清晰、合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。