针对您提出的“超员40%扣多少分和罚款多少”的问题，这主要取决于您驾驶的车辆类型。以下是根据《道路交通安全法》及相关规定，为您详细整理的处罚标准：

一、营运客车（不包括公共汽车）、校车超员40%的处罚

1. 扣分标准：

   • 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶营运客车（不包括公共汽车）、校车超员20%以上未达到50%（即包括40%），一次记9分。

2. 罚款标准：

   • 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条第一款，超员40%会被处五百元以上二千元以下罚款。
   • 公安机关交通管理部门还将扣留机动车至违法状态消除。
   • 若运输单位车辆屡教不改，将对直接负责的主管人员处以罚款。

二、普通私人小型汽车超员40%的处罚

1. 扣分标准：

   • 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶其他载客汽车（包括私家车）载人超过核定人数20%以上未达到50%（即包括40%），一次记3分。

2. 罚款标准：

   • 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，一般会处以二十元以上二百元以下罚款。

三、货运机动车超员（或超载，此处主要关注超载情况，因货运机动车主要关注载质量）40%的处罚（虽您问的是超员，但货运机动车超载情况也需说明）

1. 扣分标准（若指超载）：

   • 按照《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶载货汽车超载30%以上未达到50%的（超载40%属于此范围），一次记3分。
   • 注意：货运机动车主要关注的是超载问题，而非超员，但超载的处罚标准与超员有相似之处，均根据超载/超员比例来判定。

2. 罚款标准（若指超载）：

   • 通常会处五百元以上二千元以下罚款。
   • 公安机关交通管理部门还将扣留机动车至违法状态消除。

四、重要提醒

• 地区差异：不同地区在具体扣分标准和执行细节上可能存在差异，建议您咨询当地交通管理部门以获取最准确的信息。
• 安全第一：超员行驶不仅违法，还严重威胁道路交通安全。请务必按照核定人数载客，确保行车安全。

综上所述，超员40%的处罚标准主要取决于您驾驶的车辆类型。无论是营运客车、私家车还是货运机动车，都应严格遵守交通法规，避免超员行驶，以确保道路安全。