公司注册资金100万元但收入过亿，这一情况本身并不违法。公司的注册资金和实际收入是两个不同的概念，它们之间没有必然的法律联系。以下是对这一问题的详细分析：

注册资金与实际收入的关系

1. 注册资金：这是公司在注册时向工商行政管理部门申报的资本总额，它代表了公司股东对公司承担责任的限额。注册资金的大小并不直接决定公司的经营规模或盈利能力。

2. 实际收入：这是公司在经营过程中实际获得的收入，它受到市场需求、经营管理、行业竞争等多种因素的影响。实际收入可以远远超过注册资金，也可以低于注册资金。

合法性分析

1. 法律不限制收入规模：我国法律并没有规定公司的实际收入不能超过注册资金。因此，公司注册资金100万元但收入过亿，并不违反任何法律规定。

2. 合规经营是关键：虽然收入规模本身不违法，但公司在经营过程中必须遵守相关法律法规，如税法、商法等。如果公司存在偷税漏税、虚假宣传、不正当竞争等违法行为，那么无论其收入规模如何，都将面临法律制裁。

潜在风险与建议

1. 税务合规：随着公司收入的增加，税务问题也变得更加复杂。公司应确保按时足额缴纳税款，避免税务风险。

2. 财务管理：高收入往往伴随着高风险。公司应建立健全的财务管理制度，确保资金的安全和有效使用。

3. 法律合规：公司应定期进行法律合规审查，确保所有经营活动都符合法律法规的要求。这有助于降低法律风险，保护公司的合法权益。

4. 注册资本与实际经营能力的匹配：虽然法律不限制收入规模，但公司应确保注册资本与实际经营能力相匹配。如果注册资本过低而实际经营规模过大，可能会影响公司的信誉和融资能力。

总结来说，公司注册资金100万元但收入过亿并不违法，但公司在经营过程中必须遵守相关法律法规，确保合规经营。如果你对公司法务、经营管理或上市等方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。