少干计划博士生违约的赔偿计算需根据具体违约情形、合同约定及法律规定综合确定，通常包括直接损失、预期利益损失及违约金（如有约定）。以下是具体分析：

1. 合同约定优先
   若《少数民族高层次骨干人才计划定向就业协议书》或其他相关协议中明确约定了违约责任（如违约金数额、赔偿范围等），则优先按合同约定执行。例如：

   • 若协议规定“违约需支付培养费总额的50%作为违约金”，则需按此比例计算；
     
   • 若协议约定“赔偿实际发生的培养费用及因违约导致的直接损失”，则需提供费用凭证（如学费、住宿费、科研经费等）及损失证明（如招生名额空缺导致的额外成本）。

2. 法定赔偿范围
   若合同未约定或约定不明，则根据《民法典》第五百八十四条，违约方需赔偿守约方因违约造成的实际损失，包括：

   • 直接损失：如已支付的培养费用、因违约导致的额外支出（如重新招生费用）；
     
   • 预期利益损失：如因违约导致定向单位无法获得人才而产生的间接损失（需提供充分证据证明损失与违约的因果关系）。
     注：预期利益损失通常需严格举证，实践中法院可能酌情支持部分金额。

3. 违约金调整规则
   若合同约定了违约金，但违约方认为过高或过低，可依据《民法典》第五百八十五条请求法院或仲裁机构调整。调整标准为：

   • 违约金过分高于实际损失（通常超过30%），违约方可主张减少；
     
   • 违约金低于实际损失，守约方可主张增加。
     例如：若实际损失为10万元，但合同约定违约金20万元，法院可能调整至13万元左右。

4. 特殊情形：服务期未满的赔偿
   若少干计划协议中约定了服务期（如毕业后需在定向单位工作5年），但博士生未履行即违约，赔偿可能包括：

   • 未履行服务期的培养费分摊：按剩余服务期比例计算（如服务期5年，已工作1年，则赔偿4/5的培养费）；
     
   • 定向单位实际损失：如因违约导致单位无法完成项目、需紧急招聘替代人员等费用。

建议行动：

1. 仔细查阅协议条款，明确违约责任的具体约定；
   
2. 收集培养费用凭证、定向单位损失证明等证据；
   
3. 若对赔偿金额有争议，可委托律师通过协商或诉讼解决。
   

如有进一步细节（如协议具体条款、违约情形等），可向我补充说明，我会为您分析具体赔偿方案。