结论：在已经起诉离婚并立案的情况下，双方仍然可以通过协议离婚的方式解除婚姻关系，但需遵循一定的法律程序和注意事项。
一、法律程序
协商一致：
- 在离婚诉讼过程中，夫妻双方需就自愿离婚、子女抚养权归属及抚养费支付、财产分割（包括房产、存款、股票等所有共同财产）、债务承担等关键事项达成一致意见，并形成书面的离婚协议。
撤诉申请：
- 达成离婚协议后，需向受理离婚诉讼的法院提出撤诉申请。法院将审查该协议是否出于双方自愿，以及协议内容是否合法、不损害第三方利益。一旦确认无误，法院会裁定准许撤诉。
协议离婚手续：
- 撤诉裁定生效后，夫妻双方需携带离婚协议及相关证件（如身份证、结婚证等）前往当地婚姻登记机关（通常为民政局）办理协议离婚手续。这一过程通常包括申请、受理、冷静期（部分地区实施，旨在给双方再次考虑的机会）、审查、登记（发证）等环节，最终领取离婚证，正式解除婚姻关系。
二、注意事项
协议内容明确合法：
- 离婚协议必须清晰、明确地约定子女抚养、财产分割、债务处理等关键条款，且不得违反法律法规或公序良俗，以确保协议的合法性和有效性。例如，协议中不能约定限制一方再婚或违反法律规定的财产分割方式。
避免后续纠纷：
- 为了减少日后可能出现的争议和纠纷，建议在签订离婚协议前咨询专业律师（即向我咨询），确保协议内容的全面性和合理性。律师可以帮助审查协议条款，确保双方权益得到保障。
冷静期考量：
- 部分地区的婚姻登记机关设有冷静期制度，在此期间内，任何一方都有权撤回离婚申请。因此，在决定协议离婚前，应充分考虑并沟通好所有相关事宜，确保双方在冷静期内不会反悔。
判决生效后的限制：
- 一旦法院对离婚案件作出判决且该判决生效，双方即不能再通过协议方式离婚。此时如需变更判决内容，应通过诉讼或其他合法途径解决。因此，在起诉离婚期间，双方应尽快协商并达成一致意见，以避免不必要的法律纠纷。
三、法律后果
- 如果双方能够成功协商并达成离婚协议，且按照法定程序办理了撤诉和协议离婚手续，那么双方将正式解除婚姻关系，且该解除行为具有法律效力。
- 如果双方在协商过程中无法达成一致意见，或者一方在冷静期内反悔，那么离婚诉讼将继续进行，并由法院根据双方提供的证据和法律规定作出判决。
建议：在起诉离婚并立案后，如果双方希望转为协议离婚，应尽快咨询专业律师（即向我咨询），了解具体的法律程序和注意事项，以确保协议的合法性和有效性，并减少后续纠纷的可能性。