在法院强制执行程序中，关于是否会执行配偶的财产，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据债务的性质、夫妻共同财产的状况以及是否存在特殊情形来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
一、一般原则
通常情况下，如果债务被明确认定为夫妻一方的个人债务，那么法院在强制执行时，主要会针对负债方的个人财产进行执行，而不会直接触及配偶的财产。这是因为夫妻双方在法律上享有相对独立的财产权，个人债务应由个人财产来清偿，配偶没有法律上的义务去替其偿还。
二、特殊情形下可能执行配偶财产的情况
夫妻共同债务：
- 如果债务被依法认定为夫妻共同债务，比如是在夫妻关系存续期间为家庭共同生活所负的债务（如购买家庭生活用品、支付子女教育费用、赡养老人等），或者夫妻一方事后对债务进行了追认，那么配偶就需要对该债务承担共同偿还责任。
- 在这种情况下，法院有权对夫妻双方名下的财产，包括配偶的财产，进行强制执行。执行措施可能包括查封、扣押、冻结、划扣等，针对银行存款、房产、车辆等各类财产进行处置。
财产混同：
- 如果被执行人与其配偶的财产没有明确区分，存在财产混同的情形，比如共同经营店铺且收入和支出未明确区分个人财产和夫妻共同财产，导致无法准确界定债务应当由谁的财产偿还。
- 在这种情况下，法院可能会基于财产混同的事实，对配偶的财产采取相应的执行措施，以确保债权人的权益得到保障。
转移财产逃避执行：
- 如果有证据证明被执行人在面临债务纠纷后，故意将自己的财产转移到配偶名下以逃避债务履行，那么这种行为是违法的。
- 法院可以根据申请执行人的申请，调查核实情况后认定该转移行为无效，并对转移至配偶名下的财产进行强制执行。
三、配偶如何保护自己的财产
明确债务性质：
- 配偶应首先了解债务的性质，判断其是否为夫妻共同债务。如果不是共同债务，且自己的财产与负债方的财产没有混同，那么自己的财产通常不会被执行。
保留财产证据：
- 配偶应保留好自己财产的相关证据，如房产证、车辆行驶证、银行存款证明等，以证明这些财产属于自己个人所有，与负债方的债务无关。
避免财产混同：
- 配偶应尽量避免与负债方发生财产混同的情况，如共同经营店铺时，应明确区分个人财产和夫妻共同财产，保留好相关的财务记录。
咨询专业律师：
- 如果配偶对自己的财产安全存在担忧，或者面临强制执行的风险，建议及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的应对措施。
综上所述，法院在强制执行时是否会执行配偶的财产，取决于债务的性质、夫妻共同财产的状况以及是否存在特殊情形。配偶应了解自己的法律权益，采取必要的措施来保护自己的财产安全。