针对您提出的“三轮车违规营运怎么处罚”的问题，以下是根据《中华人民共和国道路运输条例》及相关法律法规，结合实际情况给出的详细解答：

一、主要处罚措施

1. 扣留车辆并处罚款

   • 首次查获：三轮车首次因非法营运被查获时，执法部门通常会扣留车辆，并处以不低于500元的罚款。具体罚款金额可能因地区政策而有所差异。
   • 再次查获：若三轮车再次因非法营运被查获，除了扣留车辆外，罚款金额会加重，并可能对驾驶员进行记分处罚，如再处罚款500元并记12分。

2. 没收违法所得并处罚款

   • 对于有违法所得的非法营运行为，交通运输主管部门会责令停止经营，并没收违法所得。同时，根据违法所得的金额处以罚款，罚款金额为违法所得的2倍以上10倍以下。
   • 若没有违法所得或违法所得不足一定金额（如2万元），则直接处以3万元以上10万元以下的罚款。具体金额由县级以上道路运输管理机构根据实际情况裁定。

3. 刑事责任

   • 如果非法营运行为情节严重，构成犯罪的，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营扰乱市场秩序，情节严重的，可处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金。

二、其他可能的处罚或措施

1. 暂扣或吊销相关证件

   • 在非法营运情节严重的情况下，如果三轮车驾驶员持有与驾驶相关的证件（如驾驶证等），相关部门有权暂扣或吊销其证件。特别是多次非法营运且拒不改正，或者因非法营运引发重大安全事故的，公安交通管理部门可能会吊销驾驶员的驾驶证。

2. 没收非法营运车辆

   • 在某些地区，如果三轮车非法营运行为达到了较为严重的程度，如持续时间长、社会影响恶劣，或者三轮车不符合安全标准、存在严重安全隐患等，执法部门有权没收非法营运的三轮车。

3. 交通违法行为的额外处罚

   • 如果驾驶三轮车非法营运的同时，还存在诸如闯红灯、逆行、超载等交通违法行为，公安交通管理部门将根据具体的违法行为，依据《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规进行额外处罚。例如，三轮车超载的，将处二百元以上二千元以下罚款，具体金额根据超载情况而定。

三、从轻或减轻处罚的情况

• 若当事人积极配合调查处理，主动消除或者减轻违法行为危害后果，如在执法人员查处时主动承认错误、积极配合调查、及时停止非法营运行为，并且此前没有多次非法营运的记录，交通运输部门可能会根据具体情况从轻或减轻处罚，罚款金额可能会接近法定幅度的下限。

四、合规建议

• 三轮车驾驶员：应严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动。如需从事营运活动，应通过正规渠道申请相关资质，确保合法合规经营。
• 乘客：应选择合法合规的交通工具出行，以保障自身权益和安全。拒绝乘坐无牌三轮车，发现违规行为可向交通部门举报。

综上所述，三轮车违规营运将受到法律的严格制裁，处罚标准因地区和具体情况而异。建议三轮车驾驶员严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动，共同维护良好的交通秩序和市场环境。