对于主车手续齐全但挂车手续不齐全的情况，处罚会依据具体缺失的手续类型以及相关法律法规的规定来综合判定，以下分情况说明：
若挂车缺失的是行驶证或号牌：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条的规定，上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，未放置检验合格标志、保险标志，或者未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应当扣留机动车，通知当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续，并可以依照本法第九十条的规定予以处罚。
- 第九十条规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。因此，在这种情况下，挂车可能会被扣留，直至手续补全，同时驾驶人可能面临警告或二十元以上二百元以下的罚款。
若挂车缺失的是年检合格标志或保险标志：
- 同样依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条，未放置检验合格标志或保险标志的机动车上道路行驶，也会面临被扣留机动车、通知补办手续，并可能受到警告或二十元以上二百元以下罚款的处罚。
若挂车存在其他手续不齐全的情况：
- 如挂车未按规定进行注册登记、未取得道路运输证等，这些情况可能涉及到不同的法律法规和处罚标准。例如，未取得道路运输证而从事道路运输经营的，根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，可能会面临没收违法所得、罚款等行政处罚。
在处理此类情况时，还需注意以下几点：
- 区分主车与挂车的责任：虽然主车手续齐全，但挂车作为机动车的一部分，其手续不齐全同样会影响整个车辆的合法上路。因此，在处罚时，会综合考虑主车与挂车的情况，但主要针对挂车的手续问题进行处罚。
- 及时补办手续：对于挂车手续不齐全的情况，驾驶人或车主应及时到相关部门补办手续，以避免不必要的法律风险和处罚。
- 了解具体法律法规：由于不同地区的法律法规可能存在差异，且具体处罚标准可能因情况而异，因此在实际操作中，建议驾驶人或车主咨询当地交通管理部门或法律专业人士，以获取更准确的信息和指导。
温馨提示：作为驾驶人或车主，应时刻关注车辆的手续情况，确保车辆合法上路。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。