违反专门管辖的判决，其效力需根据具体情况判断，一般情况下判决有效，但在特定情形下可能被撤销或发回重审。以下是对这一问题的详细分析：
一、专门管辖的基本原则与重要性
专门管辖是依据案件的特殊性质或专业要求，对特定类型的案件由特定法院或专门法院进行管辖的制度。这一制度旨在确保案件能够得到专业、高效的审理，并维护司法体系的秩序和公正。例如，军事法院管辖军事案件，海事法院管辖海事案件等。
二、违反专门管辖的法律后果
一般情况下的有效性：
- 违反专门管辖规定，虽然属于程序违法，但并非所有程序违法都会导致判决无效。在司法实践中，法院注重实体公正以及判决的既判力和稳定性。如果案件在实体审理方面做到了事实认定清楚、法律适用正确，仅存在专门管辖的程序瑕疵，通常不会否定判决的效力。
特殊情况下的无效性：
- 若当事人在一审答辩期内就专门管辖问题提出管辖权异议，且法院未正确处理而继续审理并作出判决，上级法院在二审中发现该错误时，有可能以程序违法为由撤销原判，将案件发回原审法院重新审理。这是因为专门管辖的特殊性要求案件必须由具有专业知识和经验的法院进行审理，以确保案件的公正和准确。
三、司法实践中的处理原则
审查管辖权异议：
- 法院在受理案件时，应首先审查当事人提出的管辖权异议，特别是关于专门管辖的异议。如果异议成立，法院应将案件移送至具有专门管辖权的法院进行审理。
保障当事人诉讼权利：
- 在处理违反专门管辖的案件时，法院应充分保障当事人的诉讼权利，包括提出管辖权异议的权利、申请回避的权利等。确保案件能够在公正、透明的环境下进行审理。
注重实体公正与程序公正的平衡：
- 虽然程序公正对于维护司法体系的秩序和公正至关重要，但实体公正同样是司法审判的核心目标。因此，在处理违反专门管辖的案件时，法院应综合考虑案件的实体公正和程序公正，作出合理的判决。
四、具体案例分析
假设一个海事案件被错误地由普通法院审理并作出判决。如果当事人在一审答辩期内提出了管辖权异议，但法院未予理会并继续审理，那么当事人在二审中可以再次提出管辖权异议。如果二审法院认为一审法院确实违反了专门管辖的规定，且该违反可能影响了案件的公正审理，那么二审法院有可能撤销原判，将案件发回具有海事管辖权的法院重新审理。
五、建议与总结
对于当事人：
- 如果认为案件违反了专门管辖的规定，应及时在一审答辩期内提出管辖权异议，以维护自己的合法权益。
- 在二审中，如果发现一审法院违反了专门管辖的规定，可以继续提出异议，并请求二审法院进行审查。
对于法院：
- 应严格遵守专门管辖的规定，确保案件由具有专业知识和经验的法院进行审理。
- 在处理管辖权异议时，应认真审查当事人的异议理由，并作出合理的裁定。
总结：违反专门管辖的判决并非一律无效，而是需根据具体情况进行判断。在司法实践中，法院会综合考虑案件的实体公正、判决的既判力和稳定性以及当事人的诉讼权利等因素，作出相应的处理决定。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。