员工迟到扣工资是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下是从不同角度进行的分析：

一、合法情形

1. 公司规章制度明确且合理：

   • 如果公司在员工手册、劳动合同或经过民主程序制定的规章制度中，明确规定了迟到扣款的制度，并且该制度内容合法、合理，不违反法律法规的强制性规定，那么公司依据此制度对迟到员工进行扣款是合法的。
   • 扣款金额限制：扣款金额应合理，通常不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。例如，若员工月工资为5000元，则单次迟到扣款不应超过1000元，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

2. 扣款用于弥补实际损失：

   • 如果因员工迟到给公司造成了实际经济损失，如生产延误、客户流失等，公司有权要求员工赔偿部分或全部损失。此时，扣款可以视为一种合理的经济处罚措施，但同样需要遵守扣款金额的限制。

二、违法情形

1. 未经法定程序制定规章制度：

   • 如果公司的规章制度未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么这些规章制度对劳动者没有约束力。公司依据此类规章制度进行扣款可能构成违法行为。

2. 扣款金额不合理：

   • 如前所述，扣款金额应合理，不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果扣款金额过高，可能构成对劳动者合法权益的侵害。例如，单次迟到罚款500元或扣除全部日薪，明显超出合理范围。

3. 以迟到为由恶意克扣工资：

   • 如果公司以迟到为借口，恶意克扣员工工资，这种行为显然违反了《中华人民共和国劳动法》的规定，侵害了劳动者的合法权益。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能加付赔偿金。

三、特殊情况下的处理

1. 不可抗力因素：

   • 如因自然灾害、交通事故等不可抗力因素导致迟到，员工应及时向用人单位说明情况并提供相关证明，用人单位不应扣除工资。

2. 合理的宽限期：

   • 一些用人单位会给予员工一定的宽限期（如几分钟到半小时），在此时间内迟到不视为违纪，也不扣除工资。

四、建议与注意事项

1. 了解公司规章制度：

   • 员工应仔细阅读公司的规章制度，了解关于迟到扣款的具体规定，确保自己的权益不受侵害。

2. 保留证据：

   • 如认为扣款不合理，员工应保留好相关证据（如考勤记录、工资条等），以便在发生争议时维权。

3. 协商解决：

   • 在发生争议时，员工可与用人单位进行协商沟通，寻求双方都能接受的解决方案。

4. 法律途径：

   • 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结来说，员工迟到扣工资是否违法，取决于公司规章制度的合法性、合理性以及扣款金额是否符合法律规定。如果公司规章制度合法、合理，且扣款金额在合理范围内，那么扣款是合法的；反之，则可能构成违法行为。员工在遇到此类问题时，应了解自己的权益和维权途径，必要时寻求法律帮助。